C16orf58 - C16orf58
| RUSF1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tanımlayıcılar | |||||||||||||||||||||||||
| Takma adlar | RUSF1, RUS, kromozom 16 açık okuma çerçevesi 58, C16orf58, RUS aile üyesi 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Harici kimlikler | MGI: 2384572 HomoloGene: 11232 GeneCard'lar: RUSF1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortologlar | |||||||||||||||||||||||||
| Türler | İnsan | Fare | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Topluluk | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Konum (UCSC) | Tarih 16: 31.49 - 31.51 Mb | Chr 7: 128.27 - 128.3 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed arama | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Vikiveri | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Kromozom 16 açık okuma çerçevesi 58veya C16orf58, Ayrıca şöyle bilinir FLJ13638 bir protein insanlarda kodlanan C16orf58 gen.[5] Genin kendisi 18892 bp uzunluğundadır. mRNA 2760 bp ve 468 protein dizisi amino asitler. Korunan bir bilinmeyen etki alanı var, DUF647. Bu gen için henüz bir işlev belirlenmemiştir, ancak genin içinde bulunduğu tahmin edilmektedir. endoplazmik retikulum içinde sitoplazma.[6]
Tür dağılımı
C16orf58, sahip olduğu ortologlar Arkadan bitkiler ve mantarlar. Ancak, içinde bulunamadı sürüngenler, kuşlar veya amfibiler. Aşağıdaki tablo BLAST kullanılarak bulunan ortologların hepsini değil, bazılarını göstermektedir.[7]
| Türler | Organizmanın Ortak Adı | NCBI Erişimi | Sıra Kimliği | E-değeri | Uzunluk (AA) | Gen Ortak Adı |
| Homo sapiens | İnsan | NP_073581 | 100% | 0.0 | 468 | C16orf58 |
| Equus Caballus | At | XP_001495510 | 85% | 0.0 | 468 | TAHMİN: UPF0420 protein C16orf58'e benzer |
| Canis tanıdık | Köpek | XP_547054 | 85% | 0.0 | 485 | CG10338-PA'ya benzer |
| Mus musculus | Fare | Q91W34 | 81% | 0.0 | 466 | cDNA dizisi BC017158 |
| Monodelphis domestica | Opossum | XP_001370394 | 65% | 3e−160 | 466 | TAHMİNİ: varsayımsal protein |
| Danio rario | Zebra balığı | NP_001103923 | 53% | 4e−112 | 432 | varsayımsal protein LOC555936 |
| Drosophila melanogaster | Uçmak | NP_609897 | 40% | 3e−69 | 395 | CG10338 |
| Arabidopsis thaliana | Thale Cress | AAF81284 | 37% | 2e−68 | 403 | Drosophila melanogaster'ın CG10338 gen ürününe benzerlik içerir |
| Gallus gallus | Tavuk | NP_989823 | 25% | 0.36 | 1434 | protein tirozin fosfataz, reseptör tipi, U |
| Xenopus tropicalis | Kurbağa | AAI22058 | 31% | 3.4 | 268 | Stk19 proteini |
| Saccharomyces cerevisiae | Maya | EDZ73379 | 25% | 0.21 | 1578 | YDL140Cp benzeri protein |
| Caenorhabditis elegans | Nematod | NP_502300 | 19% | 3.0 | 414 | varsayımsal protein M18.6 |
Protein Etkileşimleri
İşlev hala bilinmese de, C16orf58 üç farklı proteinle etkileşime girdiği gösterilmiştir:
- MVD[8] MVD kısaltması disfosfomevalonat dekarboksilaz içinde işlev gören bir enzim olan kolesterol biyosentez.[9]
- BSCL2[10] BSCL2 Bernardinelli-Seip konjenital lipodistrofi 2 veya seipindir.[11] Endoplazmik retikulumda bulunur ve önemli olduğu düşünülmektedir. lipit damlacık morfolojisi.
- TSC22D4[10] Üçüncü etkileşen protein TSC22D4, TSC22 alan aile üyesi 4'tür ve bir lösin fermuar translasyonel düzenleme.[12]
Yapısı
Protein yapısı hakkında tahminler verecek birkaç site olmasına rağmen, C16orf58'in henüz bilinen bir yapısı bulunmamaktadır. En az bir tane olduğu söyleniyor transmembran alanı, Daha fazla değilse. Protein yapısı içinde, yüklenmemiş amino asitlere sahip birkaç genişletilmiş alan vardır, bunlar olası transmembran alanlar olabilir veya hidrofobik çekirdekler.[6] Aşağıda, protein dizisindeki amino asitlerin her birinin yükü, pozitif için +, negatif için ve yüksüz için 0 gösterilmektedir. Yüklenmemiş amino asitlerin büyük bölümlerinin kalın göründüğüne dikkat edin. Yüklenmemiş amino asitlerin bu uzantıları, uzak ortologlar aracılığıyla korunur.
1 00—000-00 000-00000- 0+00+000-0 0000-0000+ 00000+0000 +0-0+-00-0 61 0000000000 0000000000 000-0000-0 000000-000 0000000000 0000000000 121 0000+00000 0000000+-0 00000+0000 00+00+0-00 0+00+000-0 00-00000-0 181 0000000000 000000000+ 0000000000 +00000000+ +0000-000+ -000-00000 241 0000000000 0000000000 0000000000 000000+00+ 0000-000-0 +0+000+000 301 0+0-00-000 00+0-00000 0000000000 0000+00000 0-00000-00 0-000000-0 361 0000000000 0+000+000+ 0000000000 000-00000- 0—0+0+0+0 00++-00000 421 +-00-00-00 00+00+000- 000+0-+000 -00-0+0000 000-++00
Referanslar
- ^ a b c GRCh38: Ensembl sürümü 89: ENSG00000140688 - Topluluk, Mayıs 2017
- ^ a b c GRCm38: Topluluk sürümü 89: ENSMUSG00000030780 - Topluluk, Mayıs 2017
- ^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
- ^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
- ^ "Entrez Gene: C16orf58". Alındı 6 Mayıs 2009.
- ^ a b "SDSC Biyoloji Workbench". San Diego Süper Bilgisayar Merkezi. Alındı 2009-05-07.
- ^ "BLAST: Temel Yerel Hizalama Arama Aracı". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, Birleşik Devletler Ulusal Sağlık Enstitüleri. Alındı 2009-05-07.
- ^ "STRING: işlevsel protein birliği ağları". EMBL.de. Alındı 2009-05-07.
- ^ "Entrez Geni: MVD mevalonat (difosfo) dekarboksilaz". Alındı 6 Mayıs 2009.
- ^ a b "darphane veritabanı". Arşivlenen orijinal 2006-05-06 tarihinde. Alındı 2009-05-07.
- ^ "Entrez Geni: BSCL2 Bernardinelli-Seip konjenital lipodistrofi 2 (seipin)". Alındı 6 Mayıs 2009.
- ^ "Entrez Gene: TSC22D4 TSC22 alan ailesi, üye 4". Alındı 6 Mayıs 2009.
Dış bağlantılar
- İnsan C16orf58 genom konumu ve C16orf58 gen ayrıntıları sayfası UCSC Genom Tarayıcısı.
 | Bu makale bir gen açık insan kromozomu 16 bir Taslak. Wikipedia'ya şu yolla yardım edebilirsiniz: genişletmek. |