C8orf46 - C8orf46
| Kromozom 8 açık okuma çerçevesi 46 | |
|---|---|
| Tanımlayıcılar | |
| Semboller | C8orf46 |
| Türler | İnsan |
| HPRD | 14565 |
| Topluluk | ENSG00000169085 |
| UniProt | Q8TAG6 |
| RefSeq (mRNA) | NM_152765.3 |
| RefSeq (protein) | NP_689978.2 |
| yer | 8q13.1 |
Kromozom 8 açık okuma çerçevesi 46 (C8orf46), insanlarda kromozom 8'in ileri ipliği boyunca yer alan bir protein kodlama genidir.[1] Gen yaklaşık 58.522 baz çifti uzunluğundadır ve 207 amino asidi kodlar. C8orf46'nın beyin ve omurilik bölgelerinde yüksek oranda ifade edildiği bulunmuştur.
Gen
yer
C8orf46, 66,460,003 bp'de başlayan ve 66,518,524 bp'de biten genomik sekans ile kromozom 8'in (8q13.1) artı sarmalı boyunca bulunur.[2] Tüm gen 58.522 bp uzunluğundadır.[2] C8orf46'nın yanında alkol dehidrogenaz demir içeren 1 ve v-myb avian myeloblastosis viral onkogen homolog benzeri.[1]
Homoloji
Paraloglar
C8orf46 için hiçbir insan paralogu tanımlanmadı[1]
Ortologlar
C8orf46, memeliler, kuşlar, balıklar, sürüngenler ve amfibiler dahil olmak üzere tüm omurgalı sınıflarında bulunur.[1] C8orf46, çok çeşitli memeliler, kuşlar ve sürüngenlerde bulunurken, yalnızca bir amfibi (Xenopus tropicalis ) ve iki balık (Callorhinchus milli ve Lepisosteus oculatus ) C8orf46 genine sahip olduğu bulunmuştur.[1] C8orf46'nın en uzak ortoloğu Callorhinchus milli genin insan versiyonundan 482.9 milyon yıl önce ayrıldığı tahmin ediliyor.[3] Gen hiçbir bitki, mantar veya tek hücreli organizmada bulunamamıştır.[1]
Homolog Etki Alanları
N-terminali ve C-terminali, hem uzak hem de yakın ortologlarda yüksek oranda korunan bölgelerdir. C8orf46 ortologlarının tümü, SH3 protein alan ailesinin ve aynı zamanda bilinmeyen işlevli bir alanın (DUF4648) korunmasını gösterir.
mRNA
Splice Varyantları
C8orf46'nın herhangi bir alternatif mRNA ekleme varyantı yoktur. Olgun mRNA yaklaşık 3,741 baz çifti uzunluğundadır ve altı ekson içerir.[2]
Protein
Genel Özellikler
C8orf46 tarafından kodlanan protein 207 amino asit uzunluğundadır ve bu 22.6 kdal'lık bir moleküler ağırlığa eşittir.[2] Proteinin izoelektrik noktası, proteinin pH'ının bazik olduğunu gösteren 10.42'dir.[4] C8orf46 proteini, işlevi bilinmeyen bir etki alanı (DUF4648) içerir ve SH3 alan ailesi prolin bakımından zengin ligandlara bağlandığı bilinmektedir.[1] Bu proteinin ikincil ve üçüncül yapısı iyi bilinmemektedir.
Kompozisyon
C8orf46'dan türetilen proteinin zengin olduğu kabul edilir. arginin ve fakir fenilalanin ortalama insan proteininin bileşimi ile karşılaştırıldığında.[4] C8orf46, birçok pozitif yüklü çalışma bölgesi içerir ve yüksek konsantrasyonda bazik amino asitlere sahiptir.[4]
Çeviri Sonrası Değişiklikler
C8orf46'nın birkaç tür çeviri sonrası değişikliğe uğrayacağı tahmin edilmektedir. Yüksek derecede kesinlik ile, C8orf46'nın lizin glikasyonu, O-glikosilasyon, serin, treonin ve tirozin fosforilasyon, özetleme ve ilk metiyonin asetilasyon.[5]
| Değişiklik Türü | Amino Asit Konumu | Protein Üzerindeki Etkisi[6] |
|---|---|---|
| Lizin Epsilon Amino Gruplarının Glikasyonu | Lys33, Lys41, Lys124, Lys152. Lys153, Lys193 | Proteinin enzimatik işlevini bozar. |
| İlk Metiyonin Asetilasyon | Met1 | Protein stabilitesine, sınıflandırmasına ve lokalizasyonuna aracılık eder. |
| O-glikosilasyon Siteler | Ser25, Ser90, Ser97, Ser102, Ser113, Ser122, Ser126, Ser128 Ser130, Ser148, Ser194, Thr78, Thr101, Thr125, Thr134, Thr155 | Transkripsiyon ve çeviri faktörlerini düzenler. |
| Fosforilasyon Siteler | Ser22, Ser25, Ser26, Ser34, Ser35, Ser97, Ser122, Ser126, Ser130, Ser194, Thr78, Thr83, Thr138, Tyr50, Tyr158, Tyr196 | Protein fonksiyonunu, hücre sinyalini ve proteinin enzimatik fonksiyonlarını düzenler |
| Özetleme Siteler | Lys141, Lys195 | Nükleer-sitozolik taşınmada rol oynar, bağlanma yeri görevi görür. |
Alt Hücresel Konum
Lys191 ila Lys193 amino asitlerinde bulunan klasik nükleer lokalizasyon sinyali göz önüne alındığında, C8orf46'nın bir nükleer protein olduğu tahmin edilmektedir.[5] C8orf46, hücre içi bir protein olduğunu düşündüren herhangi bir transmembran alanı veya sinyal peptidi içermez.[5]
İfade
C8orf46'nın vücutta her yerde ifade edildiği görülmüştür. Gen, vücutta 13 farklı doku türünde ifade edilir; beyin, omurilik ve sinirler genin yüksek ifadesini gösterir.[8] Özellikle, izokorteks ve hipokampal oluşum beyin bölgeleri yüksek düzeyde ifade gösterir. Sağlıklı dokuya ek olarak, C8orf46 ayrıca birkaç hastalık durumunda da bulunur. Bu hastalık durumları şunları içerir: kondrosarkom, glioma böbrek tümörleri, karaciğer tümörleri ve germ hücre tümörleri.[8] C8orf46 yalnızca bebeklerde ve yetişkinlerde ifade edilir.[8]
İfadenin Düzenlenmesi
Organizatör
destekleyici bölge C8orf46, GXP_80707'nin uzunluğu yaklaşık 1.044 bp'dir.[9] Promoter sekansı 66,492,708 bp'de başlar ve 66,493,751 bp'de biter.[9] Birkaç önemli Transkripsiyon faktörleri C8orf46'nın promoter sekansına bağlanacağı tahmin edilmektedir. En yaygın transkripsiyon faktörleri arasında; HMG kutusu içeren protein 1, baskılayıcı glukokortikoid reseptörü, cAMP'ye duyarlı bağlanma proteini ve Homeo alan faktörü Pbx-1.[9]
Klinik Önem
C8orf46 ile ilişkilendirilmiştir meme kanseri insanlarda. Gen, ifadesi bir meme kanseri hastasının endokrin tedavisi alıp almadığını belirleyen östrojen reseptörü 1 güçlendiricisi (ESR1) ile bağlantılı olarak araştırılmıştır.[10] C8orf46'nın meme kanserinde hipermetile hale gelen ve kazanılmış endokrin direncini destekleyen ESR1 arttırıcı bölgelere sahip olduğu tahmin edilmektedir.[10]
Referanslar
- ^ a b c d e f g "C8orf46 kromozom 8 açık okuma çerçevesi 46 [Homo sapiens (insan)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Alındı 2016-04-25.
- ^ a b c d "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=C8orf46". www.genecards.org. Alındı 2016-04-25.
- ^ "TimeTree :: Yaşamın Zaman Ölçeği". www.timetree.org. Alındı 2016-05-09.
- ^ a b c "SDSC Biyoloji Workbench".[kalıcı ölü bağlantı ]
- ^ a b c "ExPASy: SIB Biyoinformatik Kaynak Portalı - Ana Sayfa". www.expasy.org. Alındı 2016-04-25.
- ^ "Çeviri Sonrası Değişikliğe Genel Bakış". www.thermofisher.com. Alındı 2016-05-09.
- ^ "ISH Data :: Allen Beyin Atlası: Fare Beynini Geliştirme" Kontrol
| url =değer (Yardım). developmentmouse.brain-map.org. Alındı 2016-05-09. - ^ a b c "EST Profili - Hs.268869". www.ncbi.nlm.nih.gov. Alındı 2016-05-09.
- ^ a b c "ElDorado Tanıtımı". www.genomatix.de. Alındı 2016-05-09.
- ^ a b Stone, Andrew; Zotenko, Elena; Locke, Warwick J .; Korbie, Darren; Millar, Ewan K. A .; Pidsley, Ruth; Stirzaker, Clare; Graham, Peter; Trau Matt (2015-07-14). "Östrojen tarafından düzenlenen güçlendiricilerin DNA metilasyonu, meme kanserinde endokrin duyarlılığı tanımlar". Doğa İletişimi. 6: 7758. doi:10.1038 / ncomms8758. PMC 4510968. PMID 26169690.
daha fazla okuma
- PMC, Avrupa; et al. (2014). "İnsan MiniPromoterler Kullanılarak Hedeflenmiş CNS Gönderimi ve Adeno-İlişkili Viral Vektörlerle Gösterilmiş Uyumluluk". Moleküler Terapi: Yöntemler ve Klinik Gelişim. 1: 5. doi:10.1038 / mtm.2013.5. PMC 3992516. PMID 24761428.
- Taş Andrew (2015). "Östrojenle Düzenlenen Güçlendiricilerin DNA Metilasyonu Göğüs Kanserinde Endokrin Duyarlılığı Tanımlar". Doğa İletişimi. 6: 7758. doi:10.1038 / ncomms8758. PMC 4510968. PMID 26169690.
- Pandey, Ashutosh K .; et al. (2014). "İşlevsel Olarak Esrarengiz Genler: Beyin Cehaletine Dair Bir Örnek Olay". PLoS ONE. 9 (2): e88889. Bibcode:2014PLoSO ... 988889P. doi:10.1371 / journal.pone.0088889. PMC 3921226. PMID 24523945.