Cellosaurus - Cellosaurus


Cellosaurus
İçerik
AçıklamaCellosaurus: hücre hatları hakkında bir bilgi kaynağı
Veri tipleri
yakalanan		Hücre hatları
OrganizmalarOmurgalı, Böcek, Kene
İletişim
Araştırma Merkeziİsviçre Biyoinformatik Enstitüsü
LaboratuvarKALIPHO
YazarlarAmos Bairoch
Giriş
Veri formatıDüz dosya veritabanı, OBO ve XML
İnternet sitesiağ.expasy.org/ cellosaurus/
URL'yi indirftp://ftp.expasy.org/databases/cellosaurus
Araçlar
ağArama
Çeşitli
LisansGenel yaratıcı Attribution-NoDerivs
Sürüm oluşturmaEvet
Veri yayınlama
Sıklık		Yılda 4 ila 6 sürüm
Kürasyon politikasıEvet - manuel
Yer imlerine eklenebilir
varlıklar		Evet - bireysel hücre satırı girişleri

Cellosaurus biyomedikal araştırmada kullanılan tüm hücre dizilerini belgelemeye çalışan hücre dizileri hakkında çevrimiçi bir bilgi kaynağıdır.[1] Tarafından sağlanır İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü (SIB) katkılarından biri olarak[2][başarısız doğrulama ] -e ELIXIR. Kaynak Tanımlama Portalındaki hücre satırları için katkıda bulunan kaynaktır.[3] Nisan 2020 itibariyle, yaklaşık 118.000 hücre hattı için bilgi içermektedir.[4]

Kapsamı şunları içerir: ölümsüzleştirilmiş hücre hatları, doğal olarak ölümsüz hücre hatları (örnek: embriyonik kök hücreleri ) ve yaygın olarak dağıtılıp kullanıldığında sonlu yaşam hücre hatları. Cellosaurus, elle derlenmiş çok sayıda bilgi sağlar; her hücre hattı için önerilen bir adı, eş anlamlıları ve menşe türlerini listeler. Diğer bilgi türleri arasında standartlaştırılmış hastalık terminolojisi ( kanser veya genetik bozukluk hücre çizgileri), bir hücre çizgisini ölümsüzleştirmek için kullanılan dönüştürücü, transfekte veya nakavt edilmiş genler, mikro uydu dengesizliği, iki katına çıkma süresi, vericinin cinsiyeti ve yaşı (hasta veya hayvan), önemli dizi varyasyonları, web bağlantıları, yayın referansları ve çapraz referanslar 70'ten fazla farklı veri tabanı, ontoloji, hücre koleksiyonları ve diğer ilgili kaynaklar.[5]

Araştırmada kullanılan birçok hücre dizisi yanlış tanımlandığından veya kirlenmiş Cellosaurus, Uluslararası Hücre Hattı Kimlik Doğrulama Komitesi'nde (ICLAC) listelenenlerin tümü de dahil olmak üzere sorunlu hücre dizilerinin kaydını tutar.[6] tablolar. İnsan ve bazı köpek hücre hatları için kısa tandem tekrarı (STR) profil bilgileri. Temmuz 2018'den bu yana, Cellosaurus'taki tüm hücre dizileri, Vikiveri.[7] Mart 2020'de, Cellosaurus, ilgili hücre hattı bilgilerini içeren bir sayfa oluşturdu. SARS-CoV-2 cevaben Kovid-19 pandemisi.[8][9]

Referanslar

  1. ^ Bairoch Amos (2018). "Cellosaurus, hücre hattı bilgi kaynağı". Biyomoleküler Teknikler Dergisi. 29 ([Baskı öncesi Epub): 1–14. doi:10.7171 / jbt.18-2902-002. PMC  5945021. PMID  29805321.
  2. ^ "Hizmetler | ELIXIR".
  3. ^ https://scicrunch.org/resources/Cell%20Lines/source/SCR_013869-1/search?q=%2A&l=
  4. ^ "ExPASy - Cellosaurus". web.expasy.org. Alındı 2020-04-13.
  5. ^ "Cellosaurus'un tanımı - hücre dizileri hakkında bir bilgi kaynağı". web.expasy.org. Alındı 2020-04-13.
  6. ^ http://iclac.org/wp-content/uploads/Cross-Contaminations-v8_0.pdf
  7. ^ Bairoch, A (2018). "Cellosaurus, Hücre Hattı Bilgi Kaynağı". J Biomol Tech. 29 (2).
  8. ^ Cellosaurus (2020-03-23). "ÖNEMLİ: #Cellosaurus web sitesinde, SARS-CoV-2'yi incelemek için #celllines kullanan araştırmacılara yardımcı olmak için bir sayfa oluşturduk: https://web.expasy.org/cellosaurus/sars-cov-2.html… Planlıyoruz bu sayfayı oldukça sık güncellemek için # COVID19 ". @Hayalhanemersin. Alındı 2020-04-13. İçindeki harici bağlantı | title = (Yardım)
  9. ^ "Cellosaurus - SARS-CoV-2 ile ilgili bilgiler". web.expasy.org. Alındı 2020-04-14.

Dış bağlantılar