Dihidrodipikolinat sentaz - Dihydrodipicolinate synthase
| 4-hidroksi-tetrahidrodipikolinat sentaz | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tanımlayıcılar | |||||||||
| EC numarası | 4.3.3.7 | ||||||||
| CAS numarası | 9055-59-8 | ||||||||
| Veritabanları | |||||||||
| IntEnz | IntEnz görünümü | ||||||||
| BRENDA | BRENDA girişi | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme görünümü | ||||||||
| KEGG | KEGG girişi | ||||||||
| MetaCyc | metabolik yol | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB yapılar | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Gen ontolojisi | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| Dihidrodipikolinat sentetaz ailesi | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Dihidrodipikolinat sentaz dapa-2'nin (ba3935) kristal yapısı Bacillus anthracis 1.94a çözünürlükte. | |||||||||
| Tanımlayıcılar | |||||||||
| Sembol | DHDPS | ||||||||
| Pfam | PF00701 | ||||||||
| Pfam klan | CL0036 | ||||||||
| InterPro | IPR002220 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00569 | ||||||||
| SCOP2 | 1dhp / Dürbün / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd00950 | ||||||||
| |||||||||
4-Hidroksi-tetrahidrodipikolinat sentaz (EC 4.3.3.7, dihidrodipikolinat sentaz, dihidropikolinat sentetaz, dihidrodipikolinik asit sentaz, L-aspartat-4-semialdehit hidro-liyaz (piruvat ekleyerek ve siklizasyon), dapA (gen)) bir enzim ile sistematik isim L-aspartat-4-semialdehit hidro-liyaz (piruvat ekleyerek ve siklizasyon; (4S) -4-hidroksi-2,3,4,5-tetrahidro- (2S) -dipikolinat oluşturan).[1][2][3][4] Bu enzim katalizler aşağıdaki Kimyasal reaksiyon
- piruvat + L-aspartat-4-semialdehit (2S, 4S) -4-hidroksi-2,3,4,5-tetrahidrodipikolinat + H2Ö
Tepkime üç ardışık adımda ilerler.
Fonksiyon
Bu enzim ailesine aittir. Liyazlar özellikle karbon-nitrojen bağlarını kesen amin-liyazlar. 4-hidroksi-tetrahidrodipikolinat sentaz anahtar enzim içinde lizin biyosentezi diaminopimelat yolu ile prokaryotlar, biraz filomisetler, ve yüksek bitkiler. Enzim katalizler L-aspartat-beta-semialdehit ve piruvatın bir ping-pong mekanizması aracılığıyla 4-hidroksi-tetrahidropikolinik aside yoğunlaşması piruvat bir oluşturarak enzime bağlanır Schiff tabanı Birlikte lizin kalıntı.[5]
İlgili enzimler
Diğer üç proteinler vardır yapısal olarak bu enzim ile ilgilidir ve muhtemelen benzer bir katalitik mekanizma yoluyla da hareket eder. Bunlar Escherichia coli N-asetilnöraminat liyaz (EC 4.1.3.3 ) (protein NanA), ki katalizler yoğunlaşma N-asetil-D-mannosamin ve piruvat oluşturmak için N-asetilneuraminat; Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) protein MosA,[6] rizopinin biyosentezinde yer alan 3-Ö-metil-scyllo-inosamin; ve E. coli varsayımsal protein YjhH.
Yapısı
diziler Farklı kaynaklardan gelen 4-hidroksi-tetrahidrodipikolinat sentaz iyi korunmuştur. Yapı, bir homotetramer şeklini alır, burada 2 monomerler yaklaşık 2 kat ile ilişkilidir simetri.[5] Her bir monomer 2 alan içerir: bir 8-kat alfa / beta-varil ve bir C terminali alfa sarmal alan adı. kat benzer N-asetilneuraminat liyaz. aktif site lizin, namlu alanında bulunur ve namlunun C-terminal tarafındaki 2 kanal aracılığıyla erişime sahiptir.
Referanslar
- ^ Yugari Y, Gilvarg C (Aralık 1965). "Diaminopimelat sentezinde yoğunlaşma aşaması". Biyolojik Kimya Dergisi. 240 (12): 4710–6. PMID 5321309.
- ^ Blickling S, Renner C, Laber B, Pohlenz HD, Holak TA, Huber R (Ocak 1997). "X-ışını kristalografisi ve NMR spektroskopisi ile incelenen Escherichia coli dihidrodipikolinat sentazın reaksiyon mekanizması". Biyokimya. 36 (1): 24–33. doi:10.1021 / bi962272d. PMID 8993314.
- ^ Devenish SR, Blunt JW, Gerrard JA (Haz 2010). "NMR çalışmaları, dihidrodipikolinat sentaz için alternatif substratları ortaya çıkarır ve dihidrodipikolinat redüktazın da bir dehidrataz olduğunu ileri sürer". Tıbbi Kimya Dergisi. 53 (12): 4808–12. doi:10.1021 / jm100349s. PMID 20503968.
- ^ Soares da Costa TP, Muscroft-Taylor AC, Dobson RC, Devenish SR, Jameson GB, Gerrard JA (Tem 2010). "Dihidrodipikolinat sentazdaki 'temel' aktif bölge lizin ne kadar önemlidir?". Biochimie. 92 (7): 837–45. doi:10.1016 / j.biochi.2010.03.004. PMID 20353808.
- ^ a b Mirwaldt C, Korndörfer I, Huber R (Şubat 1995). "2.5 A çözünürlükte Escherichia coli'den dihidrodipikolinat sentazın kristal yapısı". Moleküler Biyoloji Dergisi. 246 (1): 227–39. doi:10.1006 / jmbi.1994.0078. PMID 7853400.
- ^ Murphy PJ, Trenz SP, Grzemski W, De Bruijn FJ, Schell J (Ağu 1993). "Rhizobium meliloti rhizopine mos lokusu, simbiyotik düzenlenmesini kolaylaştıran mozaik bir yapıdır". Bakteriyoloji Dergisi. 175 (16): 5193–204. doi:10.1128 / jb.175.16.5193-5204.1993. PMC 204987. PMID 8349559.
daha fazla okuma
- Shedlarski JG, Gilvarg C (Mart 1970). "Escherichia coli'nin piruvat-aspartik semialdehit yoğunlaştırıcı enzimi". Biyolojik Kimya Dergisi. 245 (6): 1362–73. PMID 4910051.
Dış bağlantılar
- 4-hidroksi-tetrahidrodipikolinat + sentaz ABD Ulusal Tıp Kütüphanesinde Tıbbi Konu Başlıkları (MeSH)
