FAM166B - FAM166B


Sıra Benzerliği 166 olan Aile, B üyesiveya FAM166B, karakterize edilmemiş bir protein tarafından kodlanan insanlarda FAM166B gen.

Gen

FAM166B gen kısa kolunda bulunur kromozom 9 eksi şerit üzerinde 9p13.3'te.[1] Genomik dizi, 35563899'dan 35561830'a 2.069 baz çiftini kapsar. Gen komşuları RUSC2, RPS29P17 ve TESK1.

Konum ve Mahalle FAM166B Kromozom 9'da

İfade

FAM166B, insanlarda ortalamadan 0,5 kat daha fazla ifade edilir.[2] FAM166B, böbreküstü bezi, fallop tüpü ve solunum epitel dokuları. Zayıf ila orta derecede ifade edilir iskelet kası ve kalp kası.[3][4][5]

Organizatör

FAM166B'nin 680 bp'yi kapsayan ve 5 'UTR'yi içeren bir promotere sahip olduğu tahmin edilmektedir.[6]

mRNA

İnsanlarda, FAM166B'de 10 Transcript varyantlar, hepsi birleştirildi.[2] FAM166B transkript varyantı 1, 1.092 bp uzunluğundadır ve toplam 6 ekson içerir. Bu varyantın erişim numarası NM_001164310'dur.[7]

Protein

amino asit dizisi 275 amino asit uzunluğundadır ve 3 DUF 2475 bölgesi içerir.[8] Üç DUF2475 bölgesi, 15 ila 80, 174 ila 234 ve 234 ila 261 amino asitlerinde bulunur. Öngörülen moleküler ağırlık, 8,414 tahmini izoelektrik noktası ile 30,6 kdal'dır.[9] Diğer insan proteinlerine kıyasla% 12.4 oranında normalden daha yüksek bir prolin bileşimine sahip olduğu bilinmektedir. Protein, 141 ila 172 kalıntılarından negatif yüklü bir bölgeye sahiptir.[10]

1 MAVASTFIPGLNPQNPHYIPGYTGHCPLLRFSVGQTYGQVTGQLLRGPPGLAWPPVHRTLLPPIRPPRSP71 EVPRESLPVRRGQERLSSSMIPGYTGFVPRAQFIFAKNCSQVWAEALSDFTHLHEKQGSEELPKEAKGRK141 DTEKDQVPEPEGQLEEPTLEVVEQASPYSMDDRDPRKFFMSGFTGYVPCARFLFGSSFPVLTNQALQEFG211 QKHSPGSAQDPKHLPPLPRTYPQNLGLLPNYGGYVPGYKFQFGHTFGHLTHDALGLSTFQKQLLA

Çeviri Sonrası Değişiklikler

FAM166B'nin 12 fosforilasyon, 3 Sumolasyon, ve 1 asetilasyon Siteler.[11][12][13] FAM166, tahmini sinyal peptit sekanslarına sahip değildir.[14]

Yapısı

FAM166B'nin çoğunlukla alfa sarmalları ve beta yapraklarının kısa serpiştirilmiş bölgelerine sahip bobinlerden oluştuğu tahmin edilmektedir.[15] Öngörülen transmembran alanları yoktur ve bu ortologlarla tutarlıdır.[16]

Alt Hücresel Yerelleştirme

Bununla birlikte, FAM166B'nin hücre içi konumu bilinmemektedir.[17][18] Ortalama hidrofobiklik proteinin% -0.519272 olması, bunun bir çözünür protein.[16]

Homoloji

Ortologlar

FAM166B'de bir dizi ortologlar memelilerde, kuşlarda, sürüngenlerde, balıklarda ve bazı omurgasızlarda. Aşağıdaki tablo, BLAST kullanılarak bulunan birkaç FAM166B ortoloğunu listelemektedir.[19] Alçalan tablo, azalan kimlik sırasına göre FAM166B ortologları ile türlerin çeşitliliğini göstermektedir.

Bilimsel adYaygın isimProtein Erişim NumarasıSıra Uzunluğu (aa)KimlikBenzerlik
Homo SapiensİnsanNP_001157782.1275
Camelus Ferusİki hörgüçlü deveXP_006187942.127983%87%
Bos TorosYerli İnekXP_005210130.130381%87%
Felis catusEv kedisiXP_003995654.128081%86%
Tursiops truncatusOrtak Şişe Burunlu YunusXP_004312901.127480%86%
Elephantulus edwardiiCape Fil SivriXP_006887001.127580%86%
Mus musculusFareXP_006538075.127375%82%
Dasypus novemcinctusDokuz bantlı armadilloXP_004457403.128675%82%
Equus caballusAtXP_001914783.230075%80%
Monodelphis domesticaGri kısa kuyruklu opossumXP_007498869.129257%68%
Chelonia mydasYeşil kaplumbağaXP_007055984.125147%62%
Tinamus guttatusBeyaz boğazlı TinamuXP_010220019.130745%55%
Python bivittatusBirmanya pitonuXP_007427141.134042%56%
Xenopus tropicalisBatı Pençeli KurbağaNP_001106452.130642%55%
Anolis carolinesisCarolina AnoleXP_003228316.131440%53%
Danio rerioZebra balığıNP_001076489.229939%52%
Poecilia formosaAmazon MollyXP_007566989.126234%50%
Ciona intestinalisVazo TunikXP_002129379.133030%42%
Picoides pubescensDowny AğaçkakanXP_009895146.129626%41%
Hydra vulgarisTatlısu PolipXP_002162128.128226%41%
Saccoglossus kowalevskiiMeşe palamudu solucanıXP_002739701.133224%41%
Stronglyocentrotus purpuratusMor Deniz KestanesiXP_786484.333324%40%

Paraloglar

FAM166B'de bir paralog 317 aa'yı kapsayan ve% 25 kimliğe sahip FAM166A.[20] FAM166A için erişim numarası NP_001001710'dur.

Klinik Önem

Hastalıklar

Şu anda FAM166, bir insan hastalığı veya durumu ile ilişkili değildir. Spastik parapleji 46'da yer almasına rağmen, kromozom 9'da bulunan ve otozomal resesif olarak adlandırılan bir hastalığa neden olduğu bilinen bir lokus kalıtsal spastik parapleji (HSP), FAM166B'nin popülasyon kontrollerindeki sıklığı nedeniyle hastalıktan sorumlu gen olmadığı belirlenmiştir.[21] FAM166B, klasik için prognoz öngörücü olan genleri arayan bir patentten çıkarıldı Hodgkin lenfoma (cHL).[22]

Referanslar

  1. ^ "NCBI Gene".
  2. ^ a b "AceView, NCBI".
  3. ^ "NCBI UniGene: FAM166B".
  4. ^ "İnsan Protein Atlası: FAM166B".
  5. ^ Gaudet, P; Argout-Put, G; Kuzen, ben; et al. (3 Aralık 2013). "neXtProt: İnsan Proteom Projeleri Bağlamında Protein Bilgisini Düzenleme". Proteom Araştırmaları Dergisi. 12 (1): 293–298. doi:10.1021 / pr300830v. PMID  23205526.
  6. ^ "Genomatix ElDorado".
  7. ^ "NCBI Nükleotid".
  8. ^ "NCBI Proteini: FAM166B". Alındı 28 Şubat 2015.
  9. ^ "Biyoloji Tezgahı 3.2".[kalıcı ölü bağlantı ]
  10. ^ Brendel, V; Nourbakhsh, I.R .; Blaisdell, B.E. (Mart 1992). "Protein dizilerinin istatistiksel analizi için yöntemler ve algoritmalar". Proc. Natl. Acad. Sci. AMERİKA BİRLEŞİK DEVLETLERİ. 89 (6): 2002–2006. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  11. ^ "Net Phos 2.0".
  12. ^ "NetAcet".
  13. ^ "SUMOplot".
  14. ^ "SignalP".
  15. ^ "Biyoloji Workbench 3.2: PELE".[kalıcı ölü bağlantı ]
  16. ^ a b "SOSUI".
  17. ^ "İnsan Protein Atlası".
  18. ^ "BÖLMELER: FAM166B".
  19. ^ "NCBI BLAST".
  20. ^ "NCBI Proteini: FAM166A".
  21. ^ Martin, E; Schule, R; Smets, K; et al. (2013). "Glukoserebrosidaz İşlev Kaybı GBA2, Kalıtsal Spastik Paraplejide Motor Nöron Defektlerinden sorumludur". Amerikan İnsan Genetiği Dergisi. 92 (2): 238–244. doi:10.1016 / j.ajhg.2012.11.021. PMC  3567271. PMID  23332916.
  22. ^ Gascoyne, R; Steidl, C; Scott, D. "Klasik Hodgkin Lenfomada prognozu tahmin etme". Alıntı dergisi gerektirir | günlük = (Yardım)