LigandScout - LigandScout
| Geliştirici (ler) | Giriş: Ligand GmbH |
|---|---|
| İlk sürüm | 2005 |
| Kararlı sürüm | 4.0 / 2016 |
| İşletim sistemi | pencereler, Mac OS X, Linux |
| Platform | x86, x86-64 |
| Uygun | ingilizce |
| Tür | Moleküler modelleme Ve tasarım |
| Lisans | Tescilli ticari yazılım |
| İnternet sitesi | www |
LigandScout bilgisayar yazılım üç boyutlu (3D) oluşturmaya izin veren farmakofor yapısal verilerden modeller makro molekül –ligand kompleksler veya organik moleküllerin eğitim ve test setlerinden. Bağlı küçük bir organik maddenin etkileşimini tanımlayan tam bir 3B kimyasal özellik tanımını (hidrojen bağı vericileri, alıcılar, lipofilik alanlar, pozitif ve negatif olarak iyonize olabilen kimyasal gruplar gibi) içerir. molekül (ligand ) ve çevresi bağlayıcı site of makro molekül.[1] Bu farmakoforlar, model eşleştirme tabanlı bir hizalama algoritması kullanılarak üst üste bindirilebilir ve üst üste getirilebilir[2] Bu, kimyasal yapı yerine sadece farmakoforik özellik noktalarına dayanmaktadır. Böyle bir kaplamadan, paylaşılan özellikler sözde bir ortak özellikli farmakofor çeşitli bağlanma sitelerinin / ligandlarının tüm ortak etkileşimlerini paylaşan veya sözde bir birleştirilmiş özellik farmakofor. Yazılım, yeni potansiyel müşteri yapılarını tahmin etmek için başarıyla kullanıldı. ilaç tasarımı, örneğin tahmin etme biyolojik aktivite yeni insan immün yetmezlik virüsünün (HIV ) ters transkriptaz inhibitörleri.[3]
Benzer araçlar
Farmakoforları modellemeye yardımcı olan diğer yazılım araçları şunları içerir:
- Moleküler İşletim Ortamı] (MOE) - tarafından Kimyasal Hesaplama Grubu[4]
- Aşama - göre Schrödinger[5]
- Discovery Studio - tarafından Hızlanır[6]
- SYBYL-X - Tripos tarafından[7]
- Pharao sıralama Silicos-It[1]
Ayrıca bakınız
Referanslar
- ^ Wolber G, Langer T (2005). "LigandScout: Proteine bağlı ligandlardan türetilen 3-D farmakoforlar ve bunların sanal tarama filtreleri olarak kullanımı". J Chem Inf Modeli. 45 (1): 160–169. doi:10.1021 / ci049885e. PMID 15667141.
- ^ Wolber G, Dornhofer AA, Langer T (2007). "Küçük organik moleküllerin 3 boyutlu farmakoforlar kullanılarak verimli şekilde kaplanması". J Bilgisayar Destekli Mol Des. 20 (12): 773–788. doi:10.1007 / s10822-006-9078-7. PMID 17051340.
- ^ Barreca ML, De Luca L, Iraci N, Rao A, Ferro S, Maga G, Chimirri A (2007). "Nükleozid olmayan ters transkriptaz inhibitörleri olarak yeni kimyasal yapı iskeletlerinin yapı bazlı farmakofor tanımlaması". J Chem Inf Modeli. 47 (2): 557–562. doi:10.1021 / ci600320q. PMID 17274611.
- ^ Moleküler Çalışma Ortamı
- ^ Evre Arşivlendi 2013-05-14 de Wayback Makinesi
- ^ Keşif Stüdyosu
- ^ SYBYL-X Arşivlendi 2010-10-19'da Wayback Makinesi
daha fazla okuma
- Wolber G, Kosara R. "Bölüm 6: LigandScout ile Makromoleküler Komplekslerden Farmakoforlar". Farmakoforlar ve Farmakofor Aramaları. Wiley. ISBN 3-527-31250-1. Arşivlenen orijinal 2008-10-13 tarihinde.