Mikroplar Çevrimiçi - MicrobesOnline

MicrobesOnline sitesinin temel bileşenlerine genel bakış

Mikroplar Çevrimiçi genomik, transkriptomik ve fonksiyonel düzeylerde mikrobiyal türleri karşılaştırmak için birden fazla karşılaştırmalı genomik aracı barındıran, herkese açık ve ücretsiz olarak erişilebilen bir web sitesidir.[1][2] MicrobesOnline, Sanal Mikrobiyal Stres ve Hayatta Kalma Enstitüsü tarafından geliştirilmiştir. Lawrence Berkeley Ulusal Laboratuvarı Berkeley, California'da. Site, 2011 yılına kadar düzenli güncellemelerle 2005 yılında açıldı.

MicrobesOnline'ın temel amacı, birden çok kaynaktan elde edilen çok sayıda veriyi entegre eden kullanımı kolay bir kaynak sağlamaktır. Bu entegre platform, karşılaştırmalı genomik, metabolik yol analiz genetik şifre kompozisyon, fonksiyonel genomik yanı sıra protein alanı ve aile veri. Ayrıca, veri tabanında genler, türler, diziler ile arama yapmak veya göz atmak için araçlar sağlar. ortolog gruplar, Gen ontolojisi (GO) terimleri veya yol anahtar sözcükleri, vb. Ana özelliklerinden bir diğeri de, kullanıcıların ilgilendikleri genlerin kaydını tutmalarına olanak sağlayan Gene Arabasıdır. Veritabanının en önemli özelliklerinden biri, genel navigasyon erişilebilirliği ve araçlar arasındaki bağlantıdır.

Arka fon

Genom için yüksek verimli yöntemlerin geliştirilmesi sıralama karmaşık veri gerektiren zengin bir veri biyoinformatik analizi ve yorumlanması için araçlar.[3] Günümüzde, genomik dizi verilerini incelemek ve farklı bakış açılarından bilgi çıkarmak için çok sayıda araç mevcuttur. Bununla birlikte, araçlar arasında isimlendirme ve standart protokollerin birleştirilmesinin olmaması, sonuçları arasında doğrudan karşılaştırmayı çok zorlaştırır.[4] Ek olarak, kullanıcı sürekli olarak çeşitli web sitelerinden veya yazılımlardan geçiş yapmaya ve verilerinin formatını bireysel gereksinimlere uyacak şekilde ayarlamaya zorlanır. MicrobesOnline, farklı araçların kapasitelerini analiz sonuçları arasında kolay karşılaştırma için birleşik bir platforma entegre etmek amacıyla geliştirilmiştir. prokaryot türler ve bazal ökaryotlar.

Veritabanına dahil edilen türler

MicrobesOnline genomik barındırır, gen ifadesi ve Fitness çok çeşitli mikrobiyal türler için veriler. 1752 için genomik veriler mevcuttur bakteri, 94 Archaea ve 2842'si tamamlanmış olarak işaretlenen toplam 3707 genom için 119 ökaryot. Gen ekspresyon verileri 113 tür için mevcuttur ve uygunluk verileri 4 organizma için mevcuttur.[5]

İşlevler ve Site Mimarisi

MicrobesOnline ana sayfası, veri tabanına erişim için altı ana bölüm vurgulanmıştır.

MicrobesOnline, dört ana alandaki uygulamalar için bakteri genomları ile ilgili bilgileri aramak, analiz etmek ve entegre etmek için çeşitli araçlar sağlar: genetik bilgi, fonksiyonel genomik, karşılaştırmalı genomik ve metabolik yol çalışmaları.[6] MicrobesOnline'ın ana sayfası, altı ana bölüm içeren işlevlerine erişim için bir portaldır: üst gezinme öğeleri, bir genom seçici, E.coli K-12'ye dayalı eğitici örnekler, Metabolic için Genom Bağlantılı Uygulama bağlantısı Haritalar (GLAMM), web sitesi vurguları ve "MicrobesOnline hakkında" listesi. Devam eden bir proje olarak, MicrobesOnline'ın yazarları, veri analizi araçlarının ve daha fazla veri türünün desteklenmesinin genişletileceğini iddia ediyor.[7]

Genetik bilgi

MicrobesOnline'da depolanan mikrobiyal genlerin bilgileri dizileri içerir (genler, transkriptler ve proteinler ), genomik lokus, gen açıklamaları ve dizilerin bazı istatistikleri. Bu bilgilere, MicrobesOnline ana sayfasında görüntülenen üç özellik aracılığıyla erişilebilir: üst gezinme bölümünde sıra arama ve gelişmiş arama ve genom seçici. Sıralı arama aracı için, MicrobesOnline entegre eder BLAT, FastHMM ve FastBLAST [8] protein dizilerini araştırmak ve kullanır MEGABLAST nükleotid dizilerini aramak için.[9] Ayrıca bir bağlantı sağlar ÜFLEME dizileri aramak için alternatif bir yol olarak. Öte yandan, gelişmiş arama aracı, bir kullanıcının gen adını, açıklamasını, ortolog grupların (COG'ler) kimliğini kullanan kategorilere, özel sorguya, joker karakter aramasına ve alana özgü aramaya göre genetik bilgileri aramasını sağlar. , GO terimi, KEGG enzim komisyonu (AK) numarası vb. anahtar kelimelerdir.

Gen listesi görünümüne bir örnek

Genom seçicinin "seçilen genomlar" kutusu, soldaki favori genom listesinden eklenen genomları veya anahtar kelimelerle arananları listeler. Genom seçicinin sağ tarafında, genomları seçtikten sonra dört eylem uygulanabilir: "genleri bul" arayüzü, seçilen genomlardaki gen adını arar ve sonuçları gen listesi görünümünde görüntüler; "bilgi" düğmesi, Özet Görünümünde seçilen genomların kısa bir özetini listeler; “GO” düğmesi, farklı GO öğeleri altındaki genlerin sayısını tablo haline getiren VertiGo adlı bir GO Tarayıcısı açar; son olarak, "yol" düğmesi, MicrobesOnline veritabanındaki tüm organizmaların tüm yollarını gösteren bir yol tarayıcı başlatır.

Ek olarak, özet görünümde gösterilen genom adları, seçilen genom hakkında çok sayıda bilgi sunan tek genomlu bir veri görünümüne götürür. Gen listesi görünümünde, "G O D H S T B ..." bağlantıları, kullanıcıyı bir lokus bilgi aracına yönlendirir; operon & regulon, alanlar ve aileler, diziler, ek açıklamalar vb. gösterilir.

Gen arabaları

Geçici gen arabasının ve kalıcı gen arabasının özel bir gösterimi.

Bir kullanıcının çalışmasını depolamak için önemli bir özellik Gene Cart'tır. Genetik bilgileri gösteren MicrobesOnline'ın birçok web sayfası, tüm kullanıcılar için mevcut olan oturum gen arabasına ilgilenilen genleri eklemek için bir bağlantı içerir. Bu geçici bir gen arabasıdır ve bu nedenle kullanıcı web tarayıcısını kapattığında bilgi kaybeder. Oturum gen kartındaki genler, yalnızca oturum açtıktan sonra kayıtlı kullanıcılar tarafından kullanılabilen kalıcı gen arabasına kaydedilebilir.

Fonksiyonel genomik

MicrobesOnline'ı kurmanın bir amacı, mikrobiyal genomların işlevsel bilgilerini saklamaktır. Bu tür bilgiler, sırasıyla GO tarayıcısı ve İfade Verisi Görüntüleyicisi olarak adlandırılan iki arayüz üzerinden erişilebilen gen ontolojisi ve mikrodizi tabanlı gen ekspresyon profillerini içerir. GO tarayıcısı, gen ontoloji terimlerine göre düzenlenmiş genlere bağlantılar sağlar ve İfade Verisi Görüntüleyici, hem ifade profillerine hem de deneysel koşulların bilgilerine erişim sağlar.

Gen ontoloji hiyerarşisi

Vurgulanan GO öğesi "hücre yapışması" altında E.coli K-12 alt grubu DH10B genleri.

VertiGo olarak da bilinen GO Tarayıcı, MicrobesOnline tarafından hücresel bileşenler, moleküler fonksiyon ve biyolojik süreç dahil olmak üzere gen ürünlerinin özelliklerini tanımlayan birleşik bir sözel sistem olan GO hiyerarşisini aramak ve görselleştirmek için kullanılır. MicrobesOnline ana sayfasının Genom Seçicisi, seçilen genomların GO hiyerarşisine göz atmak için doğrudan bir yol sağlar ve ayrıca seçilen bir GO terimi altında, daha sonra daha fazla analiz için oturum gen arabasına eklenebilecek bir gen listesi sağlar.

Gen ifade bilgisi

Expression Data Viewer'ın bir bileşeni olarak deney tarayıcısı.

İfade Verisi Görüntüleyicisi, arama ve inceleme için bir arayüzdür mikrodizi -base gen ekspresyon deneyleri ve ifade profilleri. Birkaç bileşenden oluşur: seçilen deneysel koşullar altında seçilen genomlarda belirli deneyleri aramak için bir deney tarayıcısı, her mikrodizi deneyinin ayrıntılarını sağlayan bir ifade deney görüntüleyicisi, bir gen ifade görüntüleyicisi sıcaklık haritası seçilen genin ifade seviyelerinin ve aynı genlerin operon ve son olarak, gen ekspresyon profillerini aramak için bir profil arama aracı. İfade Verisi Görüntüleyicisine üç yoldan erişilebilir: Gezinme çubuğundaki "Fonksiyonel Verilere Göz At", ana sayfadaki "Gen İfade Verileri" ve ifade verilerinin bulunduğu tek genom veri görünümündeki "Gen ifadesi" listesi mevcut. Tek genom veri görünümü ayrıca bir protein-protein etkileşimi etkileşim komplekslerinin incelenmesine ve ifade verilerinin indirilmesine izin veren tarayıcı (örn. Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655). Ayrıca, kullanıcı ifade verilerini analiz etmek ve görselleştirmek için tek genom veri görünümünde bir MultiExperiment Viewer (MeV) başlatabilir.

Karşılaştırmalı genomik

MikroplarOnline gen bilgilerini depolar homoloji ve soyoluş iki arayüzden erişilebilen karşılaştırmalı genomik çalışmalar için. İlki, seçilen gen ve gen komşuluğu için bir tür ağacı veya bir gen ağacı çizen Ağaç Tarayıcısıdır. İkincisi, Genom Tarayıcısının bir uzantısı olan ve seçilen geni, diğer seçilmiş genomlardaki ortologlarla hizalanmış gen komşuluğu bağlamında gösteren Ortoloji Tarayıcısıdır.[10] Her iki tarayıcı da daha fazla analiz için oturum gen arabasına bir geni kaydetme seçenekleri sunar.

Ağaç tarayıcı

Dikdörtgen tarzda bir tür ağaç görünümü

Ağaç tarayıcıya, ana sayfadaki Find Genes aracıyla VIMSS kimliği (örneğin, VIMSS15779) ile bir geni arayarak erişilebilir. Gen bağlam görünümüne "Ağaçlara göre genomlara göz at" seçeneğiyle erişildiğinde, bir gen ağacı ve bir gen bağlam diyagramı görüntülenir. Ayrıca, "Tür ağacını görüntüle" seçeneği, gen ağacının yanında bir tür ağacını gösteren bir tür ağacı görünümü açar. Ayrıca ağaç tarayıcısı, kullanıcıların benzerliklerine göre hem genleri hem de genomları seçmelerine olanak tanır. Ayrıca, aynı zamanda gösterir yatay gen transferleri genomlar arasında.

Ortoloji tarayıcısı

Bir gen ağacının yanında genomların bağlamlarını gösteren bir gen bağlamı görünümü.

Ortoloji Tarayıcısı, "Görüntülenecek Organizmaları Seçin" kutusundan birden fazla genom seçerek genomların ortologlarını sorgu genomuna kıyasla görüntüler.

Ortoloji Tarayıcısında görüntülenen verilen beş genomun VIMSS ID 15779 etrafındaki ortoloji.

Lokus bilgisi, "genleri görüntüle" seçeneğiyle görüntülenebilir ve bu gen, oturum gen arabasına eklenebilir veya gen ekspresyon verileri (ısı haritası dahil) indirilebilir. Alternatif olarak, genomları ağaçlara göre tararken bir gen bağlamı görünümü belirir.

Metabolik yol bilgisi

Pathway Browser tarafından gösterilen piruvat metabolizma yolu.
KEGG yol haritası Rickettsia rickettsii, GLAMM tarafından vurgulanan bir metabolit ile görselleştirilir.

Pathway Browser, kullanıcıların Kyoto Genes ve Genom Ansiklopedisi'nde (KEGG) gezinmesini sağlar[11] En fazla iki seçilen genom için tahmini enzim varlığını veya yokluğunu gösteren yol haritaları. Yol tarayıcıda belirli bir yolun haritası ve iki tür mikrop arasındaki karşılaştırma gösterilebilir. Enzim komisyon numarası (ör. 3.1.3.25), seçilen enzimin bilgilerini gösteren gen listesi görünümüne bir bağlantı sağlar ve kullanıcının oturum gen arabasına genler eklemesine izin verir.

Bioinformatics Workbench'in düzeni

GLAMM, birleşik bir web arayüzünde metabolik yolları aramak ve görselleştirmek için başka bir araçtır. Kullanıcıların yeni, transgenik yolları tanımlamasına veya oluşturmasına yardımcı olur.[12]

Biyoinformatik

MicrobesOnline dizileri, gen ekspresyon profillerini ve protein-protein etkileşimlerini analiz etmek için çok sayıda aracı, gen arabaları aracılığıyla erişilen Bioinformatics Workbench adlı bir arayüze entegre etti. Şu anda desteklenen analizler şunları içerir: çoklu dizi hizalamaları, inşaatı filogenetik ağaçlar, motif gen ekspresyon profillerinin özetleri ve protein-protein etkileşimlerinin araştırılması ve taranması. Hesaplama kaynaklarından tasarruf etmek için, bir kullanıcının iki eşzamanlı işi en fazla dört saat çalıştırmasına izin verilir ve tüm sonuçlar oturum sona erene kadar geçici olarak kaydedilir.[13] Sonuçlar, kaynak erişim kontrol aracı aracılığıyla diğer kullanıcılarla veya gruplarla paylaşılabilir.

Destekleyen veritabanları

MicrobesOnline veri tabanlarının bir özeti

MicrobesOnline, yeteneklerinin farklı yönlerini yöneten bir dizi veri tabanının verilerinin entegrasyonu üzerine kurulmuştur. Kapsamlı bir liste aşağıdaki gibidir:[14]

  • Sıra bilgisi: Gereksiz protein, gen ve transkript dizileri ve ek açıklamaları RefSeq [15] ve Uniprot.[16]
  • Türlerin ve dizilerin taksonomik sınıflandırması: NCBI Taksonomi [17] türleri ve dizileri filogenetik gruplar halinde sınıflandırmak ve filogenetik bir ağaç oluşturmak için kullanılır.
  • Dizilerden açıklamalı olmayan proteinlerin tanımlanması: CRITICA [18] proteinleri kodlayan DNA dizisi uzantılarını bulmak için kullanılır. Hem karşılaştırmalı bir genomik hem de karşılaştırma ve açıklamadan bağımsız bir yöntem kullanılır.
  • Dizilerden açıklamalı olmayan genlerin tanımlanması: MicrobesOnline, Pırıltı [19] bakteri, arkeler ve viral dizilerdeki genleri otomatik olarak bulmak için.
  • Proteinlerin sınıflandırılması: Proteinlerin korunmuş alanlarına, ailelerine ve PIRSF tarafından belirlenen üst ailelere göre sınıflandırılması,[20] Pfam,[21] AKILLI [22] ve SÜPER AİLE [23] depolar dahildir.
  • Gen Ortolojisi bilgileri: Türler arasındaki ortolog gen grupları, COG veri tabanındaki bilgilere dayanmaktadır,[24] homolojinin tespiti için protein sekansı karşılaştırmasına dayanır.
  • Genlerin ve proteinlerin fonksiyonel bilgileri: Sağlanan işlevsel bilgi yelpazesine aşağıdakiler katkıda bulunur: GOA [25] için Gen ontolojisi genlerin işlevsel kategorilere ayrılması, KEGG [26] genlerin metabolik, moleküler ve sinyal yolları için ve PANTHER [27][28] protein aileleri ve bunların evrimleri arasındaki ilişkiler bağlamında moleküler ve fonksiyonel yollar hakkında bilgi için. TIGRFAM'lar [29] ve Gene3D [30] proteinlerin yapısal bilgileri ve açıklamaları için başvurulur.
  • Gen ifade verileri: Her ikisi de NCBI GEO [31] ve Birçok Mikrop Mikrodizisi Veritabanı [32] MicrobesOnline'ın gen ifade verilerini destekler. Many Microbe Microarrays Database tarafından derlenen veri kümeleri, doğrudan karşılaştırılabilir olma avantajına sahiptir, çünkü yalnızca tek kanallı veriler Afimetriks mikro diziler kabul edilir ve daha sonra normalleştirilir.
  • CRISPR'lerin tespiti: CRISPR [33] kısa doğrudan tekrarların aralayıcı dizilerle ayrıldığı istilacı dizilere karşı bağışıklıkta rol oynayan DNA lokuslarıdır.[34] CRT tarafından oluşturulan veritabanları [35] ve PILER-CL [36] CRISPR'leri tespit etmek için algoritmalar kullanılır.
  • Tespiti tRNA'lar: TRNAscan-SE [37] veritabanı, tRNA dizilerini tanımlamak için bir referans olarak kullanılır.
  • Verilerin kullanıcılar tarafından sunulması: Kullanıcılar, MicrobesOnline'a hem genomları hem de ekspresyon dosyalarını yükleme ve verileri gizli tutma (yayınlanmamış veriler olması durumunda) veya kamuya yayınlama seçeneği ile sunulan analiz araçlarıyla analiz etme kapasitesine sahiptir.[38] Mikrodizi verileri, kullanılan organizmaların, platformların, tedavilerin ve kontrollerin, deney koşullarının, zaman noktalarının ve normalizasyon tekniklerinin yanı sıra, log oranı veya log seviyeleri formatında ifade verilerinin açık bir tanımını içermelidir. Taslak genom dizileri kabul edilmesine rağmen, belirli yönergelere uygun olmaları gerekir: (1) birleştirilmiş genomun 100'den az iskelesi olmalıdır, (2) FAŞTA dosya biçimi, her biri için benzersiz bir etikete sahip olarak kullanılmalıdır. contig, (3) tercihen gen tahminleri mevcut olmalıdır (bu durumda, kabul edilen formatlar şunları içerir: GenBank, EMBL, sekmeyle ayrılmış ve FAŞTA ), (4) genomun adı ve NCBI taksonomi kimliği sağlanmalıdır.

Güncellemeler

MicrobesOnline, 2007'den 2011'e kadar her 3 ila 9 ayda bir güncellendi ve burada yeni özelliklerin yanı sıra yeni tür verileri eklendi. Ancak, Mart 2011'den bu yana yeni sürüm notları yok.[39]

Diğer sitelerle uyumluluk

MicrobesOnline, aşağıdakiler gibi diğer benzer entegre mikrop verileri platformlarıyla uyumludur: IMG ve RegTransBase, standart gen tanımlayıcılarının veritabanı boyunca korunduğu göz önüne alındığında.[40]

MikroplarMikrop analiz platformları alanında çevrimiçi

Prokaryot analiz araçları için birleşik bir platform oluşturmak için başka çabalar da olmuştur, ancak bunların çoğu bir dizi analiz türüne odaklanmaktadır. Bu odaklanmış veri tabanlarının birkaç örneği, metabolik veri analizine vurgu yapanları içerir (Microme[41]), karşılaştırmalı genomik (MBGD [42] ve OMA Tarayıcısı [43]), Düzenlemeler ve Transkripsiyon faktörleri (RegPrecise [44]), karşılaştırmalı fonksiyonel genomik (Pathline [45]), diğerleri arasında. Bununla birlikte, diğer ekipler tarafından, MicrobesOnline'ın yetenekleriyle büyük ölçüde örtüşen kapsamlı platformlar oluşturmak için dikkate değer çabalar sarf edilmiştir. Mikroskop [46] ve Entegre Mikrobiyal Genomlar Sistemi[47][48] (IMG) popüler ve yakın zamanda güncellenen veri tabanlarının örnekleridir (Eylül 2014 itibariyle).

Metagenom analizinin uzantısı: metaMicrobesOnline

metaMicrobesOnline [49] MicrobesOnline ile aynı geliştiriciler tarafından derlenmiştir ve filogenetik analizine odaklanarak MicrobesOnline kapasitelerinin bir uzantısını oluşturur. metagenomlar. MicrobesOnline'a benzer bir web arayüzü ile kullanıcı, ana sayfadaki "geçiş yap" bağlantısı aracılığıyla siteler arasında geçiş yapabilir.

Ayrıca bakınız

Dış bağlantılar

Referanslar

  1. ^ Alm, E. J .; Huang, K. H .; Price, M. N .; Koche, R. P .; Keller, K; Dubchak, I. L .; Arkın, A.P. (2005). "Mikroplar İnternet üzerinden Karşılaştırmalı genomik web sitesi ". Genom Araştırması. 15 (7): 1015–22. doi:10.1101 / gr. 3844805. PMC  1172046. PMID  15998914.
  2. ^ Dehal, P. S .; Joachimiak, M. P .; Price, M. N .; Bates, J. T .; Baumohl, J. K .; Chivian, D .; Friedland, G. D .; Huang, K. H .; Keller, K .; Novichkov, P. S .; Dubchak, I. L .; Alm, E. J .; Arkın, A.P. (2009). "Mikroplar İnternet üzerinden: Karşılaştırmalı ve işlevsel genomik için entegre bir portal ". Nükleik Asit Araştırması. 38 (Veritabanı sorunu): D396–400. doi:10.1093 / nar / gkp919. PMC  2808868. PMID  19906701.
  3. ^ Feist, A. M .; Herrgård, M. J .; Thiele, I .; Reed, J. L .; Palsson, B. Ø. (2008). "Mikroorganizmalarda biyokimyasal ağların yeniden inşası". Doğa İncelemeleri Mikrobiyoloji. 7 (2): 129–43. doi:10.1038 / nrmicro1949. PMC  3119670. PMID  19116616.
  4. ^ Chen, I. M. A .; Markowitz, V. M .; Chu, K .; Anderson, I .; Mavromatis, K .; Kyrpides, N. C .; Ivanova, N.N. (2013). "Entegre Bir Veritabanı Bağlamında Mikrobiyal Genom Açıklamalarının İyileştirilmesi". PLoS ONE. 8 (2): e54859. Bibcode:2013PLoSO ... 854859C. doi:10.1371 / journal.pone.0054859. PMC  3570495. PMID  23424620.
  5. ^ "MicrobesOnline ana sayfası". Mikroplar Çevrimiçi. Alındı 2014-09-09.
  6. ^ Mikrobiyal Stres ve Hayatta Kalma Sanal Enstitüsü; Ernest Orlando Lawrence Berkeley Ulusal Laboratuvarı (2008). "Site rehberi ve öğretici". Mikroplar Çevrimiçi. 1 Cyclotron Yolu • Berkeley, CA 94720.CS1 Maint: konum (bağlantı)
  7. ^ Dehal, P. S .; Joachimiak, M. P .; Price, M. N .; Bates, J. T .; Baumohl, J. K .; Chivian, D .; Friedland, G. D .; Huang, K. H .; Keller, K .; Novichkov, P. S .; Dubchak, I. L .; Alm, E. J .; Arkın, A.P. (2009). "Mikroplar İnternet üzerinden: Karşılaştırmalı ve işlevsel genomik için entegre bir portal ". Nükleik Asit Araştırması. 38 (Veritabanı sorunu): D396–400. doi:10.1093 / nar / gkp919. PMC  2808868. PMID  19906701.
  8. ^ Price, M. N .; Dehal, P. S .; Arkın, A. P. (2008). "FastBLAST: Milyonlarca Protein için Homoloji İlişkileri". PLoS ONE. 3 (10): e3589. Bibcode:2008PLoSO ... 3.3589P. doi:10.1371 / journal.pone.0003589. PMC  2571987. PMID  18974889.
  9. ^ Barrell, D .; Dimmer, E .; Huntley, R. P .; Binns, D .; O'Donovan, C .; Apweiler, R. (2009). "2009'daki GOA veritabanı - entegre bir Gen Ontoloji Ek Açıklama kaynağı". Nükleik Asit Araştırması. 37 (Veritabanı sorunu): D396–403. doi:10.1093 / nar / gkn803. PMC  2686469. PMID  18957448.
  10. ^ Mikrobiyal Stres ve Hayatta Kalma Sanal Enstitüsü; Ernest Orlando Lawrence Berkeley Ulusal Laboratuvarı (2008). "Site rehberi ve öğretici". Mikroplar Çevrimiçi. 1 Cyclotron Yolu • Berkeley, CA 94720.CS1 Maint: konum (bağlantı)
  11. ^ Kanehisa, M. (2004). "Genomun şifresini çözmek için KEGG kaynağı". Nükleik Asit Araştırması. 32 (90001): 277D – 280. doi:10.1093 / nar / gkh063. PMC  308797. PMID  14681412.
  12. ^ Bates, J. T .; Chivian, D .; Arkın, A.P. (2011). "GLAMM: Metabolik Haritalar için Genom Bağlantılı Uygulama". Nükleik Asit Araştırması. 39 (Web Sunucusu sorunu): W400–5. doi:10.1093 / nar / gkr433. PMC  3125797. PMID  21624891.
  13. ^ Mikrobiyal Stres ve Hayatta Kalma Sanal Enstitüsü; Ernest Orlando Lawrence Berkeley Ulusal Laboratuvarı (2008). "Site rehberi ve öğretici". Mikroplar Çevrimiçi. 1 Cyclotron Yolu • Berkeley, CA 94720.CS1 Maint: konum (bağlantı)
  14. ^ Alm, E. J .; Huang, K. H .; Price, M. N .; Koche, R. P .; Keller, K; Dubchak, I. L .; Arkın, A.P. (2005). "Mikroplar İnternet üzerinden Karşılaştırmalı genomik web sitesi ". Genom Araştırması. 15 (7): 1015–22. doi:10.1101 / gr. 3844805. PMC  1172046. PMID  15998914.
  15. ^ Pruitt, K. D .; Tatusova, T .; Maglott, D.R. (2007). "NCBI referans dizileri (Ref Sıra): Genomların, transkriptlerin ve proteinlerin küratörlüğünde yedeksiz bir dizi veritabanı ". Nükleik Asit Araştırması. 35 (Veritabanı sorunu): D61–5. doi:10.1093 / nar / gkl842. PMC  1716718. PMID  17130148.
  16. ^ Uniprot, Konsorsiyum (2009). "Evrensel Protein Kaynağı (Üni Prot) 2009". Nükleik Asit Araştırması. 37 (Veritabanı sorunu): D169–74. doi:10.1093 / nar / gkn664. PMC  2686606. PMID  18836194.
  17. ^ Sayers, E. W .; Barrett, T .; Benson, D. A .; Bryant, S. H .; Canese, K .; Chetvernin, V .; Kilise, D. M .; Dicuccio, M .; Edgar, R .; Federhen, S .; Feolo, M .; Geer, L. Y .; Helmberg, W .; Kapustin, Y .; Landsman, D .; Lipman, D. J .; Madden, T. L .; Maglott, D. R .; Miller, V .; Mizrachi, I .; Ostell, J .; Pruitt, K. D .; Schuler, G. D .; Sequeira, E .; Sherry, S. T .; Shumway, M .; Sirotkin, K .; Souvorov, A .; Starchenko, G .; et al. (2009). "Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nin veritabanı kaynakları". Nükleik Asit Araştırması. 37 (Veritabanı sorunu): D5–15. doi:10.1093 / nar / gkn741. PMC  2686545. PMID  18940862.
  18. ^ Badger, J. H .; Olsen, G.J. (1999). "CRITICA: Karşılaştırmalı analizi başlatan kodlama bölgesi tanımlama aracı". Moleküler Biyoloji ve Evrim. 16 (4): 512–24. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a026133. PMID  10331277.
  19. ^ Delcher, A. L .; Bratke, K. A .; Powers, E. C .; Salzberg, S.L. (2007). "Glimmer ile bakteriyel genlerin ve endosymbiont DNA'nın belirlenmesi". Biyoinformatik. 23 (6): 673–679. doi:10.1093 / biyoinformatik / btm009. PMC  2387122. PMID  17237039.
  20. ^ Wu, C. H .; Nikolskaya, A .; Huang, H .; Yeh, L. S .; Natale, D. A .; Vinayaka, C. R .; Hu, Z.Z .; Mazumder, R .; Kumar, S .; Kourtesis, P .; Ledley, R. S .; Suzek, B. E .; Arminski, L .; Chen, Y .; Zhang, J .; Cardenas, J. L .; Chung, S .; Castro-Alvear, J .; Dinkov, G .; Barker, W.C (2004). "PIRSF: Protein Bilgi Kaynağında Aile sınıflandırma sistemi". Nükleik Asit Araştırması. 32 (90001): 112D – 1114. doi:10.1093 / nar / gkh097. PMC  308831. PMID  14681371.
  21. ^ Finn, R. D .; Tate, J .; Mistry, J .; Coggill, P. C .; Sammut, S. J .; Hotz, H. -R .; Ceric, G .; Forslund, K .; Eddy, S.R .; Sonnhammer, E. L. L .; Bateman, A. (2007). "Pfam protein aileleri veritabanı". Nükleik Asit Araştırması. 36 (Veritabanı sorunu): D281–8. doi:10.1093 / nar / gkm960. PMC  2238907. PMID  18039703.
  22. ^ Letunic, I .; Doerks, T .; Bork, P. (2009). "SMART 6: Son güncellemeler ve yeni gelişmeler". Nükleik Asit Araştırması. 37 (Veritabanı sorunu): D229–32. doi:10.1093 / nar / gkn808. PMC  2686533. PMID  18978020.
  23. ^ Wilson, D .; Madera, M .; Vogel, C .; Chothia, C.; Gough, J. (2007). "2007'deki SUPERFAMILY veritabanı: Aileler ve işlevler". Nükleik Asit Araştırması. 35 (Veritabanı sorunu): D308 – D313. doi:10.1093 / nar / gkl910. PMC  1669749. PMID  17098927.
  24. ^ Tatusov, R. L .; Fedorova, N. D .; Jackson, J. D .; Jacobs, A. R .; Kiryutin, B .; Koonin, E. V .; Krylov, D. M .; Mazumder, R .; Mekhedov, S. L .; Nikolskaya, A. N .; Rao, B. S .; Smirnov, S .; Sverdlov, A. V .; Vasudevan, S .; Wolf, Y. I .; Yin, J. J .; Natale, D. A. (2003). "COG veritabanı: Güncellenmiş bir sürüm ökaryotları içerir". BMC Biyoinformatik. 4: 41. doi:10.1186/1471-2105-4-41. PMC  222959. PMID  12969510.
  25. ^ Barrell, D .; Dimmer, E .; Huntley, R. P .; Binns, D .; O'Donovan, C .; Apweiler, R. (2009). "2009'daki GOA veritabanı - entegre bir Gen Ontoloji Ek Açıklama kaynağı". Nükleik Asit Araştırması. 37 (Veritabanı sorunu): D396–403. doi:10.1093 / nar / gkn803. PMC  2686469. PMID  18957448.
  26. ^ Kanehisa, M. (2004). "Genomun şifresini çözmek için KEGG kaynağı". Nükleik Asit Araştırması. 32 (90001): 277D – 280. doi:10.1093 / nar / gkh063. PMC  308797. PMID  14681412.
  27. ^ Mi, H .; Guo, N .; Kejariwal, A .; Thomas, P.D. (2007). "PANTHER sürüm 6: Biyolojik yolların genişletilmiş temsiliyle protein dizisi ve işlev evrimi verileri". Nükleik Asit Araştırması. 35 (Veritabanı sorunu): D247–52. doi:10.1093 / nar / gkl869. PMC  1716723. PMID  17130144.
  28. ^ Mi, H .; Thomas, P. (2009). "PANTHER Yolu: Veri Analizi Araçlarıyla Birleştirilmiş Ontoloji Tabanlı Yol Veritabanı". Protein Ağları ve Yol Analizi. Moleküler Biyolojide Yöntemler. 563. s. 123–40. doi:10.1007/978-1-60761-175-2_7. ISBN  978-1-60761-174-5. PMID  19597783.
  29. ^ Selengut, J. D .; Haft, D. H .; Davidsen, T .; Ganapathy, A .; Gwinn-Giglio, M .; Nelson, W. C .; Richter, A. R .; Beyaz, O. (2007). "TIGRFAM'ler ve Genom Özellikleri: Prokaryotik genomlarda moleküler işlev ve biyolojik sürecin atanması için araçlar". Nükleik Asit Araştırması. 35 (Veritabanı sorunu): D260–4. doi:10.1093 / nar / gkl1043. PMC  1781115. PMID  17151080.
  30. ^ Yeats, C .; Lees, J .; Reid, A .; Kellam, P .; Martin, N .; Liu, X .; Orengo, C. (2007). "Gene3D: Genomların kapsamlı yapısal ve işlevsel ek açıklaması". Nükleik Asit Araştırması. 36 (Veritabanı sorunu): D414–8. doi:10.1093 / nar / gkm1019. PMC  2238970. PMID  18032434.
  31. ^ Barrett, T .; Troup, D. B .; Wilhite, S. E .; Ledoux, P .; Rudnev, D .; Evangelista, C .; Kim, I. F .; Soboleva, A .; Tomashevsky, M .; Marshall, K. A .; Phillippy, K. H .; Sherman, P. M .; Muertter, R. N .; Edgar, R. (2009). "NCBI GEO: Yüksek verimli işlevsel genomik veriler için arşiv". Nükleik Asit Araştırması. 37 (Veritabanı sorunu): D885–90. doi:10.1093 / nar / gkn764. PMC  2686538. PMID  18940857.
  32. ^ Faith, J. J .; Driscoll, M.E .; Fusaro, V. A .; Cosgrove, E. J .; Hayete, B .; Juhn, F. S .; Schneider, S. J .; Gardner, T. S. (2007). "Birçok Mikrop Mikrodizisi Veritabanı: Yapılandırılmış deneysel meta verilerle düzgün şekilde normalleştirilmiş Afimetriks karşılaştırması". Nükleik Asit Araştırması. 36 (Veritabanı sorunu): D866–70. doi:10.1093 / nar / gkm815. PMC  2238822. PMID  17932051.
  33. ^ Marraffini, L. A .; Sontheimer, E.J. (2010). "CRISPR interferansı: bakteri ve arkelerde RNA'ya yönelik uyarlanabilir bağışıklık". Doğa İncelemeleri Genetik. 11 (3): 181–190. doi:10.1038 / nrg2749. PMC  2928866. PMID  20125085.
  34. ^ Marraffini, L. A .; Sontheimer, E.J. (2010). "CRISPR interferansı: bakteri ve arkelerde RNA'ya yönelik uyarlanabilir bağışıklık". Doğa İncelemeleri Genetik. 11 (3): 181–190. doi:10.1038 / nrg2749. PMC  2928866. PMID  20125085.
  35. ^ Mülayim, C; Ramsey, T. L .; Sabree, F; Lowe, M; Kahverengi, K; Kyrpides, N. C .; Hugenholtz, P (2007). "CRISPR tanıma aracı (CRT): Düzenli aralıklarla kümelenmiş palindromik tekrarların otomatik tespiti için bir araç". BMC Biyoinformatik. 8: 209. doi:10.1186/1471-2105-8-209. PMC  1924867. PMID  17577412.
  36. ^ Edgar, R.C. (2007). "PILER-CR: CRISPR tekrarlarının hızlı ve doğru tanımlanması". BMC Biyoinformatik. 8: 18. doi:10.1186/1471-2105-8-18. PMC  1790904. PMID  17239253.
  37. ^ Lowe, T. M .; Eddy, S.R. (1997). "TRNAscan-SE: Genomik dizide transfer RNA genlerinin gelişmiş tespiti için bir program". Nükleik Asit Araştırması. 25 (5): 955–64. doi:10.1093 / nar / 25.5.955. PMC  146525. PMID  9023104.
  38. ^ "MicrobesOnline ana sayfası". Mikroplar Çevrimiçi. Alındı 2014-09-09.
  39. ^ "MicrobesOnline sürüm notları". Mikroplar Çevrimiçi. Alındı 2014-09-10.
  40. ^ Dehal, P. S .; Joachimiak, M. P .; Price, M. N .; Bates, J. T .; Baumohl, J. K .; Chivian, D .; Friedland, G. D .; Huang, K. H .; Keller, K .; Novichkov, P. S .; Dubchak, I. L .; Alm, E. J .; Arkın, A.P. (2009). "Mikroplar İnternet üzerinden: Karşılaştırmalı ve işlevsel genomik için entegre bir portal ". Nükleik Asit Araştırması. 38 (Veritabanı sorunu): D396–400. doi:10.1093 / nar / gkp919. PMC  2808868. PMID  19906701.
  41. ^ "Microme". Mikrom. Alındı 2014-09-09.
  42. ^ Uchiyama, I .; Mihara, M .; Nishide, H .; Chiba, H. (2012). "MBGD güncellemesi 2013: Mikrobiyal dünyanın çeşitliliğini keşfetmek için mikrobiyal genom veritabanı". Nükleik Asit Araştırması. 41 (Veritabanı sorunu): D631–5. doi:10.1093 / nar / gks1006. PMC  3531178. PMID  23118485.
  43. ^ Altenhoff, A. M .; Schneider, A .; Gonnet, G. H .; Dessimoz, C. (2010). "OMA 2011: 1000 tam genom arasında ortoloji çıkarımı". Nükleik Asit Araştırması. 39 (Veritabanı sorunu): D289–94. doi:10.1093 / nar / gkq1238. PMC  3013747. PMID  21113020.
  44. ^ Novichkov, P. S .; Kazakov, A. E .; Ravcheev, D. A .; Leyn, S. A .; Kovaleva, G. Y .; Sutormin, R. A .; Kazanov, M. D .; Riehl, W .; Arkın, A. P .; Dubchak, I .; Rodionov, D.A. (2013). "Kayıt Kesin 3.0 - Bakterilerde transkripsiyonel düzenlemenin genom ölçeğinde araştırılması için bir kaynak ". BMC Genomics. 14: 745. doi:10.1186/1471-2164-14-745. PMC  3840689. PMID  24175918.
  45. ^ Meyer, M .; Wong, B .; Styczynski, M .; Munzner, T.; Pfister, H. (2010). "Pathline: Karşılaştırmalı Fonksiyonel Genomik için Bir Araç". Bilgisayar Grafikleri Forumu. 29 (3): 1043–1052. doi:10.1111 / j.1467-8659.2009.01710.x.
  46. ^ Vallenet, D .; Belda, E .; Calteau, A .; Cruveiller, S .; Engelen, S .; Lajus, A .; Le Fevre, F .; Longin, C .; Mornico, D .; Roche, D .; Rouy, Z .; Salvignol, G .; Scarpelli, C .; Thil Smith, A. A .; Weiman, M .; Medigue, C. (2012). "Mikro Dürbün- genomik ve metabolik verilerin iyileştirilmesi ve karşılaştırmalı analizi için entegre bir mikrobiyal kaynak ". Nükleik Asit Araştırması. 41 (Veritabanı sorunu): D636–47. doi:10.1093 / nar / gks1194. PMC  3531135. PMID  23193269.
  47. ^ Markowitz, V. M .; Szeto, E .; Palaniappan, K .; Grechkin, Y .; Chu, K .; Chen, I. M. A .; Dubchak, I .; Anderson, I .; Lykidis, A .; Mavromatis, K .; Ivanova, N. N .; Kyrpides, N.C (2007). "2007'deki entegre mikrobiyal genomlar (IMG) sistemi: Veri içeriği ve analiz aracı uzantıları". Nükleik Asit Araştırması. 36 (Veritabanı sorunu): D528–33. doi:10.1093 / nar / gkm846. PMC  2238897. PMID  17933782.
  48. ^ Markowitz, V. M .; Chen, I. -M. A .; Palaniappan, K .; Chu, K .; Szeto, E .; Pillay, M .; Ratner, A .; Huang, J .; Woyke, T .; Huntemann, M .; Anderson, I .; Billis, K .; Varghese, N .; Mavromatis, K .; Pati, A .; Ivanova, N. N .; Kyrpides, N.C (2013). "Entegre mikrobiyal genom karşılaştırmalı analiz sisteminin IMG 4 versiyonu". Nükleik Asit Araştırması. 42 (Veritabanı sorunu): D560–7. doi:10.1093 / nar / gkt963. PMC  3965111. PMID  24165883.
  49. ^ Chivian, D .; Dehal, P. S .; Keller, K .; Arkın, A. P. (2012). "Meta Mikroplar İnternet üzerinden: Mikrobiyal toplulukların filogenomik analizi ". Nükleik Asit Araştırması. 41 (Veritabanı sorunu): D648–54. doi:10.1093 / nar / gks1202. PMC  3531168. PMID  23203984.