Ulusal Bütünleyici Biyomedikal Bilişim Merkezi - National Center for Integrative Biomedical Informatics

Ulusal Bütünleyici Biyomedikal Bilişim Merkezi (NCIBI) yedi taneden biridir Ulusal Biyomedikal Hesaplama Merkezleri tarafından finanse edildi Ulusal Sağlık Enstitüleri 'ın (NIH) Tıbbi Araştırma Yol Haritası.[1][2] Merkez, Michigan üniversitesi ve bir parçası Hesaplamalı Tıp ve Biyoinformatik Merkezi. NCIBI'nin misyonu, deneylere rehberlik etmek ve karmaşık hastalıkların analizinden yeni içgörüler elde etmek için moleküler biyomedikal araştırmalar için hedeflenmiş bilgi ortamları oluşturmaktır. Ekim 2005'te kurulmuştur.

Merkez, biyolojik verilere etkin bir şekilde erişmek ve bunları entegre etmek için hesaplama yöntemleri geliştirir. Sürüş Biyolojik Projeleri (DBP'ler), araç geliştirmenin bilgilendirildiği, başlatıldığı ve test edildiği bir başlangıç ​​noktası sağlar. Mevcut DBP'ler şunları içerir: gen füzyonu kanserlerde organa özgü majör komplikasyonlar diyabet, beslenme ve obezite ve komorbid hastalık dernekleri bipolar bozukluk. İşlev için test araçlarına ek olarak, ayrı bir ekip test etmeye adanmıştır. kullanılabilirlik ve kullanıcı etkileşimi.

Araçlar geliştirilip doğrulandıktan sonra Merkez, verileri ve yazılımı Üniversite ve daha geniş biyomedikal araştırma topluluğu genelinde yayar. Eğitim videoları gibi çeşitli mekanizmalar,[3] öğreticiler,[4] NCIBI verilerini ve yazılımını ulusal ve uluslararası düzeyde paylaşmak için önemli bilimsel konferanslardaki gösteriler ve sunumlar kullanılır.[5]

Mevcut araçlar

Aşağıda listelenen araçlara ek olarak, birçok NCIBI veritabanında bulunan zenginleştirilmiş veriler, Araçlarımızı Deneyin sayfasındaki Veritabanları sekmesinden kullanılabilir.[6]

Keşif analizi

İsimAçıklama
ConceptGen[7]Bir açık kaynak gen kümesi zenginleştirme testi ve konsept haritalama aracı. Bu web tabanlı araç, farklı şekillerde zenginleştirilmiş biyolojik gen setlerini (kavramlar olarak adlandırılır) tanımlamak için kullanılabilir. ifade edilen genler (veya kullanıcı tarafından tanımlanmış diğer herhangi bir gen listesi) ve çeşitli biyolojik kaynaklardan biyolojik kavramlar arasındaki ilişki ağlarını keşfetmek için
MetScape[8]Bir Cytoscape görselleştirmek ve analiz etmek için kullanılan eklenti metabolomik veri. Edinburgh Human Metabolic Network rekonstrüksiyonundan elde edilen verileri kullanır. MetScape, karmaşık ağların görselleştirilmesini kolaylaştırır ve aşağıdakilerle ilgili bilgileri görüntüler: tepkiler, enzimler ve yollar
MiMI Eklentisi[9]Bir Cytoscape bir eklenti açık kaynak analiz için etkileşimli görselleştirme aracı protein etkileşimleri ve biyolojik etkileri
Michigan Moleküler Etkileşimler (MiMI)[10]Web tabanlı bir protein, yol ve gen etkileşimi araç

Kavramsal literatür araştırması

İsimAçıklama
BioSearch-2DBüyük biyomedikal belge koleksiyonlarının içeriğini tek, dinamik bir harita haline getiren bir araç
Gene2MeshMedical Subject Heading (MeSH) terimlerini genlerle ilişkilendiren otomatik bir açıklama aracı, Ulusal Tıp Kütüphanesi 's PubMed literatür veritabanı
Metab2MeSHMeSH'de tanımlanan kavramlarla metabolitleri güvenilir ve otomatik olarak açıklamak için istatistiksel bir yaklaşım kullanan bir araç, Ulusal Tıp Kütüphanesi biyomedikal kavramlar için kontrollü kelime haznesi
MiSearch[11]İle çalışan bir literatür arama aracı Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi 's (NCBI) Entrez hızlı aramak PubMed alıntılar ve bunları araştırma ilgi alanlarına göre sıralanmış olarak görüntüler
PubAnatomy[12]Anatomik yapılar, patofizyolojik süreçler arasındaki ilişkileri keşfetmenin yeni yollarını sağlayan bir literatür araştırma aracı, gen ifadesi seviyeleri ve protein-protein etkileşimleri bağlamında Medline literatür ve deneysel veriler
PubOntoBirden fazla bilgi sağlayan bir literatür araştırma aracı ontolojiler -den Açık Biyomedikal Ontolojiler araştırmacıların edebiyatı farklı bakış açılarından keşfetmelerine yardımcı olmak

Ayrıca bakınız

Notlar

  1. ^ NIH Ortak Fonu, Biyoinformatik ve Hesaplamalı Biyoloji
  2. ^ Ulusal Biyomedikal Hesaplama Merkezleri, Özet
  3. ^ NCIBI YouTube Kanalı
  4. ^ NCIBI Sanal Atölyeleri
  5. ^ NCIBI Sunumları
  6. ^ NCIBI Araçlarımızı Deneyin sayfası
  7. ^ Sartor, M. A .; Mahavisno, V .; Keshamouni, V. G .; Cavalcoli, J .; Wright, Z .; Karnovsky, A .; Kuick, R .; Jagadish, H.V .; Mirel, B. (2009). "ConceptGen: bir gen kümesi zenginleştirme ve gen kümesi ilişkisi haritalama aracı". Biyoinformatik. 26 (4): 456–63. doi:10.1093 / biyoinformatik / btp683. PMC  2852214. PMID  20007254.
  8. ^ Gao, J .; Tarcea, V. G .; Karnovsky, A .; Mirel, B. R .; Weymouth, T. E .; Beecher, C. W .; Cavalcoli, J. D .; Athey, B. D .; Omenn, G. S. (2010). "Metscape: metabolomik verileri insan metabolik ağları bağlamında görselleştirmek ve yorumlamak için bir Cytoscape eklentisi". Biyoinformatik. 26 (7): 971–3. doi:10.1093 / biyoinformatik / btq048. PMC  2844990. PMID  20139469.
  9. ^ Gao, J .; Ade, A. S .; Tarcea, V. G .; Weymouth, T. E .; Mirel, B. R .; Jagadish, H.V .; Devletler, D.J. (2008). "Sitoscape için MiMI eklentisini kullanarak interaktomu entegre etme ve açıklama ekleme". Biyoinformatik. 25 (1): 137–8. doi:10.1093 / biyoinformatik / btn501. PMC  2638934. PMID  18812364.
  10. ^ Tarcea, V. G .; Weymouth, T .; Ade, A .; Bookvich, A .; Gao, J .; Mahavisno, V .; Wright, Z .; Chapman, A .; Jayapandian, M. (2009). "Michigan moleküler etkileşimler r2: etkileşen proteinlerden yollara". Nükleik Asit Araştırması. 37 (Veritabanı sorunu): D642–6. doi:10.1093 / nar / gkn722. PMC  2686565. PMID  18978014.
  11. ^ Eyaletler, D. J .; Ade, A. S .; Wright, Z. C .; Bookvich, A. V .; Athey, B.D. (2009). "MiSearch uyarlanabilir pubMed arama aracı". Biyoinformatik. 25 (7): 974–6. doi:10.1093 / biyoinformatik / btn033. PMC  2660869. PMID  18326507.
  12. ^ Xuan, Weijian; Dai, Manhong; Mirel, Barbara; Şarkı, Jean; Athey, Brian; Watson, Stanley J; Meng, Fan (2009). "Açık Biyomedikal Ontoloji tabanlı Medline keşfi". BMC Biyoinformatik. 10: S6. doi:10.1186 / 1471-2105-10-S5-S6. PMC  2679406. PMID  19426463.

Referanslar

Dış bağlantılar