Netprimer - Netprimer

NetPrimer
Geliştirici (ler)Premier Biosoft
Kararlı sürüm
PlatformJava uygulaması[1]
TürBiyoinformatik
Lisansticari
İnternet sitesihttp://www.premierbiosoft.com/netprimer/

NetPrimer analiz için kullanılan ücretsiz bir web tabanlı araçtır primerler kullanılan PCR bir DNA dizisini büyütmek için.[2] Yazılım, primerlerin erime sıcaklığını tahmin eder. en yakın komşu termodinamik algoritma. Erime sıcaklığının (Tm) doğru tahmini, bir PCR reaksiyonunun başarısını yöneten en önemli faktörlerden biridir.[3]

NetPrimer ayrıca termodinamik açıdan önemli olan ikincil yapılar gibi saç tokası, öz ve çapraz dimerler, koşar ve tekrar eder.[4] Bu yapılar, primer verimliliğini ve dolayısıyla başarıyı önemli ölçüde etkiler[açıklama gerekli ] bir PCR reaksiyonunun.

NetPrimer, belirli bir deneysel koşullar kümesi için en iyi primer çiftlerini belirlemek için kullanılabilir. Program, analiz edilen her primere bir derecelendirme atar.[5] Derecelendirme, termodinamik parametrelerin ideal puanlarına olan yakınlığına dayanmaktadır.

Astar kalitesine ek olarak, moleküler ağırlık ve Optik Aktivite (ikisi de nmol /A260 & µg / A260) ayrıca niceleme için sunulur. Primerler% GC (Guanine-Cytosine içeriği) açısından analiz edilir.[6] Bu önemli parametre onların tavlama gücü.

İş modeli

Netprimer ücretsiz olarak sağlanmasına rağmen, ücretsiz yazılım. Kullanıcılar erişim için kaydolmalıdır[7] ve böylece Premier Biosoft'un diğer ürünlerinin reklamını alırsınız.

Referanslar

  1. ^ http://www.premierbiosoft.com/netprimer/netprlaunch/Help/xnetprlaunch.html ("Windows için Java eklentisi 1.4 veya sonraki bir sürümünü gerektirir" yazsa da, sayfanın ilerleyen kısımlarında Mac OS X'te test ettiklerini de gösterir)
  2. ^ http://www.ebd.csic.es/andy/MolEcolNotes05.pdf
  3. ^ Dieffenbach, C.W .; Dveksler, G.S. (2003). PCR Primer: Bir Laboratuvar Kılavuzu, İkinci Baskı (2003) Ciltsiz Kitap. Cold Spring Harbor Laboratuvar Basın. s. 61. ISBN  9780879696542. Alındı 2015-05-17.
  4. ^ pga.mgh.harvard.edu/primerbank/help.html
  5. ^ http://www.aphis.usda.gov/wildlife_damage/nwrc/publications/08pubs/piaggio081.pdf
  6. ^ http://jcm.asm.org/cgi/reprint/39/11/4119.pdf
  7. ^ http://www.premierbiosoft.com/crm/jsp/com/pbi/crm/clientside/RegisterUser.jsp?FromPage=Register&LoginForFreeTool=true&PID=3

Dış bağlantılar