RefDB (kimya) - RefDB (chemistry)

RefDB
İçerik
AçıklamaChemical Shift veritabanı
Veri tipleri
yakalanan		Yeniden referans verilen protein ve polipeptit kimyasal kayma atamaları
İletişim
Araştırma MerkeziAlberta Üniversitesi
LaboratuvarDr. David Wishart
Birincil alıntıRefDB: Aynı şekilde referans verilen protein kimyasal değişimlerinin bir veritabanı.[1]
Giriş
İnternet sitesihttp://refdb.wishartlab.com/
URL'yi indirhttp://refdb.wishartlab.com/
Çeşitli
Veri yayınlama
Sıklık		Periyodik düzeltmeler ve güncellemelerle haftalık
Kürasyon politikasıOtomatik olarak seçilmiş

Yeniden başvurulan Protein Kimyasal Değişim Veritabanı (RefDB) [1] bir NMR spektroskopisi dikkatlice düzeltilen veya yeniden referans verilen veritabanı kimyasal değişimler BioMagResBank'tan (BMRB) türetilmiştir (Şekil 1). Veritabanı, yapı tabanlı bir kimyasal kayma hesaplama programı (SHIFTX olarak adlandırılır) beklenen hesaplama protein (1) H, (13) C ve (15) N kimyasal değişimler itibaren Röntgen veya NMR BMRB'de rapor edilen önceden atanmış proteinlerin koordinat verilerini. Karşılaştırma, adı verilen bir program tarafından otomatik olarak gerçekleştirilir. SHIFTCOR. RefDB veritabanı şu anda referansa göre düzeltilmiş kimyasal kayma 2000'den fazla atanmış veri peptidler ve proteinler. Veritabanından alınan veriler, (13) C ile BMRB girişlerinin yaklaşık% 25'inin protein atamaları ve (15) N ile BMRB girişlerinin% 27'si protein görevler önemli gerektirir kimyasal kayma referans yeniden ayarlamaları. Ek olarak, yaklaşık% 40 protein BioMagResBank'ta depolanan girişlerde en az bir atama hatası var gibi görünüyor. Kullanıcılar, RefDB web sitesinde bulunan çeşitli yöntemlerle veritabanını indirebilir, arayabilir veya tarayabilir. RefDB bir standart sağlar kimyasal kayma türetmek veya hesaplamak isteyen biyomoleküler NMR spektroskopistleri için kaynak kimyasal kayma trendler peptidler ve proteinler.


Kapsam ve Erişim

RefDB'deki tüm veriler tescilli değildir veya tescilli olmayan bir kaynaktan türetilmiştir. Ücretsiz olarak erişilebilir ve herkes tarafından kullanılabilir. Ek olarak, neredeyse her veri öğesi tamamen izlenebilirdir ve orijinal kaynağa açıkça atıfta bulunulur. RefDB verileri halka açık bir web arayüzü ve indirmeler yoluyla kullanılabilir.

Özellikleri

Herşey kimyasal değişimler RefDB'de sayısal olarak DSS'ye (ortak bir NMR kimyasal kayma standart).[1] RefDB, genel veritabanlarını sorgulamak için web botlarını kullanan sürekli güncellenen bir kaynaktır (BMRB, GenBank, Protein Veri Bankası ) ve haftalık olarak atama, sıralama ve yapı verilerini getirme. Daha sonra bir dizi veri kontrol rutini uygular (paramanyetik veya denatüre proteinleri çıkarmak için anahtar kelimeler kullanarak) ve ardından tanımlamak ve düzeltmek için bir dizi hesaplama uygular. kimyasal kayma referans hataları. RefDB tamamen web tabanlı bir veritabanıdır, verileri iki standart formatta (NMR-STAR ve Shifty), otomatik veri güncelleme, kontrol ve doğrulama gerçekleştirir ve çıktı verilerine tam olarak indirilebilir düz bir dosya formatında ve hiper bağlantılı bir göz atılabilir tabloda açık erişim sağlar (bkz. Şekil 2). RefDB ayrıca anahtar kelime sorgularını ve sıra aramalarını da destekler (yerel ÜFLEME ). RefDB genellikle haftalık olarak güncellenir. RefDB veritabanı, ilişkili yazılımı ile birlikte ücretsiz olarak şu adresten edinilebilir: http://refdb.wishartlab.com ve BMRB web sitesinde.[1]

Protokoller

RefDB, üç farklı bilgisayar programının bir kombinasyonu kullanılarak hazırlanmıştır. İlk program (SHIFTX) hesaplar omurga 1H, 13C ve 15N kimyasal değişimler protein 3D koordinat verilerinden. İkinci program (SHIFTCOR ), hesaplanan kaymaları gözlemlenen kaymalarla karşılaştırır, istatistiksel olarak önemli farklılıkları değerlendirir ve gerekli kimyasal kayma düzeltmelerini gerçekleştirir. Üçüncü program (UPDATE), yeni yerleştirilen BMRB verilerini, karşılık gelen herhangi bir PDB verisiyle birlikte otomatik olarak alır. UPDATE ayrıca verileri şuraya yönlendirir: SHIFTCOR ve "düzeltilmiş" kimyasal kayma dosyasını RefDB veritabanına ekler.[1]


RefDB ne sağlar

  • 2162'de yeniden referans verilen proteinin indirilebilir bir veritabanı kimyasal kayma Dosyalar
  • Karşılık gelen PDB girişleriyle birlikte BMRB ve yeniden referans verilen BMRB girişlerinin kapsamlı bir listesi (Bkz. Şekil 2)
  • Tüm RefDB girişlerinin sekmeyle ayrılmış bir özeti
  • Değişken formatta her protein dizisi için ikincil yapı bilgileri
  • İstatistiki bilgi
    • Omurga atomları için referans hataları (ppm cinsinden)
    • İkincil yapı atamaları (Alfa-sarmal, beta ve bobin) için ortalama omurga kimyasal kayma değerleri

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ a b c d e Zhang, H; Neal, S .; Wishart, D.S. (Mart 2003). "RefDB: Birörnek olarak referans verilen protein kimyasal değişimlerinin bir veritabanı". J. Biomol. NMR. 25: 173–195. doi:10.1023 / A: 1022836027055. PMID  12652131.

Genel Referanslar

  • Wishart, DS (Şubat 2011). "Protein kimyasal kayma verilerini yorumlama". Nükleer Manyetik Rezonans Spektroskopisinde İlerleme. 58: 62–87. doi:10.1016 / j.pnmrs.2010.07.004. PMID  21241884.
  • Wishart, DS; Durum DA (2001). "Makromoleküler yapı belirlemede kimyasal kaymaların kullanımı". Enzimolojide Yöntemler. 338: 3–34. doi:10.1016 / s0076-6879 (02) 38214-4. PMID  11460554.
  • Wang, L; Eghbalnia HR; Bahrami A; Markley JL (Mayıs 2005). "Karbon-13 kimyasal kayma farklılıklarının doğrusal analizi ve referanslama ve spin sistemi tanımlamalarındaki hataların tespiti ve düzeltilmesine uygulanması". Biyomoleküler NMR Dergisi. 32: 13–22. doi:10.1007 / s10858-005-1717-0. PMID  16041479.