RprA RNA - RprA RNA

RprA RNA
RF00034.jpg
Tahmin edilen ikincil yapı ve dizi koruma RprA'nın
Tanımlayıcılar
SembolRprA
RfamRF00034
Diğer veri
RNA tipGen; sRNA
Alan (lar)Bakteri
YANİİşletim Sistemi: 0000387
PDB yapılarPDBe

RprA RNA gen 106 nükleotid düzenleyici kodlamayan RNA. Sabit faz sigma faktörü RpoS'un translasyonel düzenlemesine, çift sarmallı bir RNA'nın oluşumu aracılık eder. gövde halkası yukarı akış bölgesindeki yapı rpoS haberci RNA, çeviri başlatma bölgesini tıkar.[1][2]

RprA (RpoS düzenleyici RNA A) taşıyan klonlar, RpoS'un çevirisini arttırdı. Olduğu gibi DsrA RprA'nın üç gövde ilmeği oluşturacağı tahmin edilmektedir. Bu nedenle, en az iki küçük RNA, DsrA ve RprA, RpoS çevirisinin pozitif regülasyonuna katılır. RprA ayrıca RpoS liderine bağlı görünüyor.[3] RprA gerekli değildir.[4] Wasserman et al. bu RNA'nın Hfq proteini.[5] Hfq'ye bağlanmak, RprA'nın yapısını değiştirir.[6] Hfq varlığında, RprA'nın stabilitesi, ozmolarite bu, hücrenin endoribonükleaz RNase E.[7]

RprA'nın protein kodlayan genleri düzenlediği gösterilmiştir. csgD Bu protein, sabit bir faz kaynaklı biyofilm düzenleyici ve ydaM, csgD transkripsiyonunun etkinleştirilmesinde rol oynayan bir diguanilat siklazı kodlayan. Bu iki hedef gen bastırılmış RprA tarafından düzenlenmesi ile sonuçlanan biyofilm oluşumu.[8]

Referanslar

  1. ^ Updegrove T, Wilf N, Sun X, Wartell RM (2008). "Hfq'nin RprA-rpoS mRNA eşleşmesi üzerindeki etkisi: Hfq-RNA bağlanması ve 5 ′ rpoS mRNA lider bölgesinin etkisi". Biyokimya. 47 (43): 11184–11195. doi:10.1021 / bi800479p. PMID  18826256.
  2. ^ Jones AM, İyi Niyet A, Elliott T (2006). "Salmonella enterica'da rpoS Düzenlemesinde DsrA ve RprA Düzenleyici RNA'ların Sınırlı Rolü". J Bakteriol. 188 (14): 5077–5088. doi:10.1128 / JB.00206-06. PMC  1539969. PMID  16816180.
  3. ^ Majdalani, N; Hernandez D; Gottesman S (2002). "RpoS çevirisinin ikinci küçük RNA aktivatörü, RprA'nın düzenlenmesi ve etki şekli". Mol Microbiol. 46 (3): 813–826. doi:10.1046 / j.1365-2958.2002.03203.x. PMID  12410838.
  4. ^ Majdalani, N; Chen S; Murrow J; St John K; Gottesman S (2001). "Yeni bir küçük RNA tarafından RpoS'un düzenlenmesi: RprA'nın karakterizasyonu". Mol Microbiol. 39 (5): 1382–1394. doi:10.1111 / j.1365-2958.2001.02329.x. PMID  11251852.
  5. ^ Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (2001). "Karşılaştırmalı genomik ve mikrodiziler kullanılarak yeni küçük RNA'ların belirlenmesi". Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. doi:10.1101 / gad.901001. PMC  312727. PMID  11445539.
  6. ^ Henderson CA, Vincent HA, Casamento A, Stone CM, Phillips JO, Cary PD, Sobott F, Gowers DM, Taylor JE, Callaghan AJ (Ağustos 2013). "Hfq bağlanması, rpoS'nin riboregülasyonunda rol oynayan Escherichia coli küçük kodlamayan RNA'lar OxyS ve RprA'nın yapısını değiştirir". RNA. 19 (8): 1089–1104. doi:10.1261 / rna.034595.112. PMC  3708529. PMID  23804244.
  7. ^ Madhugiri R, Basineni SR, Klug G (2010). "E. coli'deki küçük kodlamayan RNA RprA'nın tersine çevrilmesi ozmolariteden etkilenir". Mol Genet Genomik. 284 (4): 307–318. doi:10.1007 / s00438-010-0568-x. PMID  20717695.
  8. ^ Mika F, Busse S, Possling A, Berkholz J, Tschowri N, Sommerfeldt N, Pruteanu M, Hengge R (2012). "Küçük düzenleyici RNA RprA tarafından csgD'nin hedeflenmesi Escherichia coli'de sabit faz, biyofilm oluşumu ve hücre zarfı stresini birbirine bağlar". Mol Microbiol. 84 (1): 51–65. doi:10.1111 / j.1365-2958.2012.08002.x. PMC  3465796. PMID  22356413.

Dış bağlantılar