SmY RNA - SmY RNA

SmY spliceozomal RNA
SmY-structure.png
Uzlaşma ikincil yapı SmY RNA'ları. Rfam tohum hizalamasında yapısal olarak hizalanmış 68 dizide gözlemlenen baz çifti ikamelerinin bir sayısı, bu tahmin edilen yapı için kapsamlı desteği gösteren her bir baz çifti için gösterilir.[1]
Tanımlayıcılar
SembolSmY
RfamRF01844
Diğer veri
RNA tipsnRNA, ekleme
Alan (lar)Chromadorea
PDB yapılarPDBe

SmY ribonükleik asitler (SmY RNA'lar) bir ailedir küçük nükleer RNA'lar bazı türlerde bulundu nematod solucanlar. Dahil oldukları düşünülüyor mRNA çapraz ekleme.

SmY RNA'lar yaklaşık 70-90'dır nükleotidler uzun ve ortak bir ikincil yapı, ikisiyle gövde döngüleri bir fikir birliği bağlayıcı site için Sm proteini.[2][3] Sm proteini, paylaşılan bir bileşendir ek yeri snRNP'ler.

Bilinen ve tahmin edilen SmY RNA genlerinin filogenetik dağılımı ve gen sayısı ve sözde genler her türde bulunur. Gen sayıları, hesaplama analizine (Infernal programını kullanarak) dayanmaktadır. genom meclisleri; bazı durumlarda bunlar tamamlanmamış olabilecek taslak genomlardır.[1]

SmY RNA'lar, sınıf nematodlarında bulunmuştur Chromadorea, en yaygın olarak incelenen nematodları (örneğin Caenorhabditis, Pristionchus, ve Ascaris ), ancak daha uzaktan ilişkili değil Trichinella spiralis sınıfta Dorylaimia. Her türdeki SmY genlerinin sayısı, çoğu Caenorhabditis ve Pristionchus 10-26 akraba olan türler paralel kopyalar, diğer nematodlarda 1-5 bulunur.[1]

Keşif

İlk SmY RNA 1996'da saflaştırılmış olarak keşfedildi Ascaris lumbricoides ek yeri başka bir adıyla hazırlıklar SmX RNA bu tespit edilebilir değil homolog SmY için.[2] On iki SmY homologu tanımlandı hesaplamalı olarak içinde Caenorhabditis elegans ve on inç Caenorhabditis briggsae.[3] Birkaç transkriptler bu SmY'den genler -di klonlanmış ve sıralanmış sistematik bir ankette küçük kodlamayan RNA transkriptler C. elegans.[4]

Sistematik bir araştırma 2,2,7-trimetilguanosin (TMG) 5 ′ başlıklı transkriptler C. elegans anti TMG kullanarak antikorlar iki TMG başlıklı SmY transkriptini belirledi.[5] Bu transkriptlerdeki potansiyel Sm bağlanma sahalarının sekans analizi SmY, U5 snRNA, U3 snoRNA ve eklenmiş lider RNA transkriptleri (SL1 ve SL2 ) hepsi çok benzer bir konsensüs SM bağlanma sekansı (AAU4–5GGA). Tahmin edilen SM bağlanma siteleri, U1, U2 ve U4 snRNA transkriptleri bu fikir birliğinden farklıydı.[5]

Fonksiyon

İçinde C. elegans, SmY RNA'lar yeniden kurmak ile ek yeri ve Sm ile SL75p, ve SL26p proteinler, daha iyi karakterize edilmiş C. elegans SL1 Sm, SL75p ve SL21p (a) ile bir komplekste trans-splicing snRNA kopyalanması paralog SL26p).[2][3] SL21p veya SL26p'nin işlev kaybı ayrı ayrı yalnızca zayıf soğuğa duyarlı fenotip, oysa her ikisinin de devrilmesi, SL75p'nin devrilmesi gibi ölümcül. Bu sonuçlara dayanarak, SmY RNA'larının trans-birleştirmede bir işleve sahip olduğuna inanılmaktadır.

Referanslar

  1. ^ a b c Jones TA, Otto W, Marz M, Eddy SR, Stadler PF (2009). "Nematod SmY RNA'ları incelemesi". RNA Biol. 6 (1): 5–8. doi:10.4161 / rna.6.1.7634. PMID  19106623.
  2. ^ a b c Maroney PA, Yu YT, Jankowska M, Nilsen TW (Ağustos 1996). "Nematod cis- ve trans-spliceozomların doğrudan analizi: spliced ​​lider ekleme trans-splicing ve yeni Sm snRNP'lerin tanımlanmasında U5 snRNA için fonksiyonel bir rol". RNA. 2 (8): 735–745. PMC  1369411. PMID  8752084.
  3. ^ a b c MacMorris M, Kumar M, Lasda E, Larsen A, Kraemer B, Blumenthal T (Nisan 2007). "Yeni bir aile C. elegans snRNP'ler, trans-splicing ile ilişkili proteinleri içerir ". RNA. 13 (4): 511–520. doi:10.1261 / rna.426707. PMC  1831854. PMID  17283210.
  4. ^ Deng W, Zhu X, Skogerbø G, ve diğerleri. (Ocak 2006). "Teşkilat Caenorhabditis elegans küçük kodlamayan transkriptom: genomik özellikler, biyogenez ve ifade ". Genom Araştırması. 16 (1): 20–29. doi:10.1101 / gr.4139206. PMC  1356125. PMID  16344563.
  5. ^ a b Jia D, Cai L, He H, Skogerbø G, Li T, Aftab N, Chen R (Eylül 2007). "Kodlamayan RNA 2,2,7-trimetilguanosin başlık yapılarının sistematik olarak tanımlanması Caenorhabditis elegans". BMC Moleküler Biyoloji. 8: 86. doi:10.1186/1471-2199-8-86. PMC  2200864. PMID  17903271.

Dış bağlantılar