Genomes OnLine Veritabanı - Genomes OnLine Database

Genomes OnLine Veritabanı (GOLD), aşağıdakilerle ilgili kapsamlı bilgiler için web tabanlı bir kaynaktır: genetik şifre ve metagenom tüm dünyada projeleri ve bunlarla ilişkili meta verileri sıralayın.[1] GOLD veritabanı 2011 yılından beri, DOE Ortak Genom Enstitüsü

GOLD veritabanı 1997'de oluşturuldu; Veritabanının ilk versiyonu 350 dizileme projesi için bilgi içeriyordu, bunlardan 48 tanesi analizleri yayınlanmış olarak tamamen sıralandı.[1]

GOLD v.5 28 Mayıs 2014 tarihinde yayınlandı. 5 Ağustos 2015 itibarıylaGOLD veritabanı 67.879 için bilgi içerir genom dizileme 7.210'u tamamlanmış proje.[2] DOE JGI'nin yanı sıra, GOLD'a en çok katkıda bulunan üç firma, Geniş Enstitüsü, J. Craig Venter Enstitüsü ve Maryland Üniversitesi Tıp Fakültesi.[3]

GOLD ve diğer veri tabanlarındaki bilgiler arasında karşılaştırmalı analizi kolaylaştırmak için (örneğin, GenBank ve EMBL ), GOLD, minimum bilgi standartları meta veriler tarafından önerilen özellikler Genomik Standartlar Konsorsiyumu, özellikle MIxS ((x) Dizisi hakkında Minimum Bilgi) belirtimi.[2] GOLD ayrıca DOE JGI kullanılarak genomların veya metagenomların açıklamasına izin verir. Entegre Mikrobiyal Genomlar Sistemi ve bağlantıları var BioMed Central günlük Genomik Bilimlerde Standartlar(meta) genomik verilerin yayınlanmasına izin verir.[2][4]

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ a b Kyrpides NC (Eylül 1999). "Genomes OnLine Database (GOLD 1.0): dünya çapında eksiksiz ve devam eden genom projelerinin izleyicisi". Biyoinformatik. 15 (9): 773–4. doi:10.1093 / biyoinformatik / 15.9.773. PMID  10498782.
  2. ^ a b c Reddy, T. B. K .; Thomas, A. D .; Stamatis, D .; Bertsch, J .; Isbandi, M .; Jansson, J .; Mallajosyula, J .; Pagani, I .; Lobos, E. A .; Kyrpides, N. C. (27 Ekim 2014). "Genomes OnLine Veritabanı (GOLD) v.5: dört seviyeli (meta) genom proje sınıflandırmasına dayalı bir meta veri yönetim sistemi". Nükleik Asit Araştırması. 43 (D1): D1099 – D1106. doi:10.1093 / nar / gku950. PMC  4384021. PMID  25348402.
  3. ^ "JGI GOLD - İstatistikler". Alındı 5 Ağustos 2015.
  4. ^ "JGI GOLD - Ana Sayfa". Alındı 5 Ağustos 2015.

Dış bağlantılar